obgmx离线程序及其安装使用简介

tjuptz · 发表于 Post on 2021-6-22 11:19:24

xxzj 发表于 2021-6-22 08:24
老师，请问使用该工具如何获得使用UFF力场后的分子结构文件呢，比如pdb, xyz等可以使用gaussview或者VMD打 ...

你生成top的时候提供的结构文件，这个工具只产生拓扑文件，不提供几何结构

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-24 10:02:56

tjuptz 发表于 2021-6-22 11:19
你生成top的时候提供的结构文件，这个工具只产生拓扑文件，不提供几何结构

老师，那如果想知道这个力场选择是否适合自己体系，应该如何去比较呀？

nana0327 · 发表于 Post on 2021-7-4 14:22:19

本帖最后由 nana0327 于 2021-7-4 22:47 编辑

装OBGMX没有成功，我有两个配体急需要生成它的itp和gro文件，可以帮我试一下用OBGMX可以生成吗，万分感谢

tjuptz · 发表于 Post on 2021-7-5 20:49:39

nana0327 发表于 2021-7-4 14:22
装OBGMX没有成功，我有两个配体急需要生成它的itp和gro文件，可以帮我试一下用OBGMX可以生成吗，万分感谢

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-23 10:03:21

请问如何多核使用obgmx

tjuptz · 发表于 Post on 2021-7-23 13:35:50

Kangtor 发表于 2021-7-23 10:03
请问如何多核使用obgmx

我也不知道，这个应该只是单核的？

lhlwqh · 发表于 Post on 2021-9-5 20:51:39

tjuptz 发表于 2021-7-5 20:49
http://bbs.keinsci.com/thread-22807-1-1.html
用这里面大佬的windows 版本

老师，这个分享已经找不到资源了，方便再分享一下吗？谢谢啦

tjuptz · 发表于 Post on 2021-9-5 22:23:04

lhlwqh 发表于 2021-9-5 20:51
老师，这个分享已经找不到资源了，方便再分享一下吗？谢谢啦

去那个老师帖子里问问吧，我这也没有

朱朱朱 · 发表于 Post on 2022-3-2 14:06:17

老师您好，感谢您的分享。我想获取UFF力场参数所以安装了obgmx，安装完之后如何获取我所需的原子的UFF力场参数呢？我没有找到相关教程，还希望您指点

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-7 11:31:48

老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

tjuptz · 发表于 Post on 2023-9-8 16:43:12

xiaotengteng 发表于 2023-9-7 11:31
老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

在论文搜搜gmx和lammps 文件互转

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-9-8 22:14:00

xiaotengteng 发表于 2023-9-7 11:31
老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种软件的力场格式。而且因为lanmps支持的函数形式更加丰富，其实都不需要像文献那样做近似处理。

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-13 09:53:30

tjuptz 发表于 2023-9-8 16:43
在论文搜搜gmx和lammps 文件互转

好的，谢谢老师！

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-13 09:54:04

slxc920113 发表于 2023-9-8 22:14
AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种 ...

好的，感谢分享！我去尝试一下。

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-14 16:44:05

slxc920113 发表于 2023-9-8 22:14
AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种 ...

您好，这个AuToFF的在线工具只支持.cif、.vasp文件上传文件大小1M以内且原子数小于1000，对于大一点的模型好像就不可以了，想问问有了解实体软件么，感谢！

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