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[GROMACS] 求助:向体系中加入离子的浓度的问题

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楼主
材料模型带了-10个电荷,需要加入10个NA离子中和。问题是,我想模拟0.05M 的NaCl溶液,通过计算一共需要在盒子里加20个Na离子和CL离子。
由于已经加了10个NA了,是不是再加10个NA和10个CL就可以了?(但这样的话NaCl的浓度并不是0.05M)。

请问一下这种情况应该怎么去处理呢?谢谢:)


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发表于 Post on 2020-12-27 06:51:59 | 只看该作者 Only view this author
一般说的NaCl浓度,是在已经加抗衡离子将体系电荷平衡之后,再额外加的部分的浓度

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-27 09:26:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-27 06:51
一般说的NaCl浓度,是在已经加抗衡离子将体系电荷平衡之后,再额外加的部分的浓度

谢谢sob老师的解答:)那就是说我需要再加入20个Na和Cl,体系中一共30个Na和20个Cl。这样的话,如果我模拟在电场下离子的流动,那10个抗衡Na离子也会参与,这样有什么问题吗?

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发表于 Post on 2020-12-27 15:33:42 | 只看该作者 Only view this author
由于已经加了10个NA了,是不是再加10个NA和10个CL就可以了?(但这样的话NaCl的浓度并不是0.05M)。

好奇问一下,那这样的话,你认为此时NaCl的浓度是多少啊?



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-27 16:58:13 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2020-12-27 15:33
由于已经加了10个NA了,是不是再加10个NA和10个CL就可以了?(但这样的话NaCl的浓度并不是0.05M)。

好 ...

我理解的是少了一半,不知道对不对。

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发表于 Post on 2020-12-27 17:09:29 | 只看该作者 Only view this author
0.05M=0.05 mol/L吧??

那么,摩尔浓度就只与加入物质的摩尔量,和溶液体积有关。

向1 L溶液中,加入0.05 mol  KCl,那么,KCl浓度是多少呢?

如果再向其中加入0.05 mol NaCl,那么,NaCl浓度是多少呢?
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-27 18:38:44 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2020-12-27 17:09
0.05M=0.05 mol/L吧??

那么,摩尔浓度就只与加入物质的摩尔量,和溶液体积有关。

所以呢?你要阐述的观点是什么呢?

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发表于 Post on 2020-12-28 07:11:31 | 只看该作者 Only view this author
qmlearner 发表于 2020-12-27 09:26
谢谢sob老师的解答:)那就是说我需要再加入20个Na和Cl,体系中一共30个Na和20个Cl。这样的话,如果我模 ...


没问题,而且也只能这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-28 09:24:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-28 07:11

没问题,而且也只能这样

好的 谢谢sob老师:)

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发表于 Post on 2023-10-20 19:07:57 | 只看该作者 Only view this author
您好,非常感谢您的提问,想请教您如何计算需要在体系中加入几个NaCl离子呢,是用体系体积计算吗,可是乘以阿伏伽德罗常数感觉误差好大,谢谢您!!

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发表于 Post on 2024-1-5 14:22:33 | 只看该作者 Only view this author
您好!有个问题请教一下:在已知浓度大小的情况下,如何计算添加几个离子呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-5 19:22:49 | 只看该作者 Only view this author
zhencindy123 发表于 2024-1-5 14:22
您好!有个问题请教一下:在已知浓度大小的情况下,如何计算添加几个离子呢?

根据盒子大小和浓度算得物质的量,然后乘以阿佛加德罗常数。

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发表于 Post on 2025-3-19 15:14:00 | 只看该作者 Only view this author
模拟蛋白质的生物体系是不是应该是:溶剂体积≈盒子大小-蛋白质的体积

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-24 17:57:14 | 只看该作者 Only view this author
elloit 发表于 2025-3-19 15:14
模拟蛋白质的生物体系是不是应该是:溶剂体积≈盒子大小-蛋白质的体积

我觉得是的

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