hbond命令如果想要统计C-H作为给体的氢键，该怎么实现呢？

Black-Mamba2018 · 发表于 Post on 2020-12-27 16:32:11

GROMACS中hbond命令根据几何标准来统计轨迹中的氢键，通常O-H和N-H被作为氢键给体，但如果想要统计C-H作为给体的氢键（比如C-H..N)，该怎么实现呢？谢谢！

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-12-27 17:20:44

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-12-27 18:11 编辑

如果是C-H...O这种类型还可以改top中的C原子名为N来间实现，但是你这种那就不行了(或许可以分类，但我觉得相当复杂)，硬是要用hbond只能改源码了。不会改那你就学习下vmd或者第三方库来实现(比如mdanalysis)，如果还是对编程一窍不通那就没得整，只能花点钱让别人帮你写或者放弃。

Black-Mamba2018 · 发表于 Post on 2020-12-27 19:41:31

liuyuje714 发表于 2020-12-27 17:20
如果是C-H...O这种类型还可以改top中的C原子名为N来间实现，但是你这种那就不行了(或许可以分类，但我觉得 ...

十分感谢您的解答！

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