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[Molclus] 想搜索双金属原子团簇(例如NiFe,原子数大于10),求推荐合适的软件,molclus适合吗?

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本帖最后由 风飞 于 2021-1-19 16:45 编辑

老师,您好,
          我想构建NiFe体系的合金团簇(一共大约有50个原子)研究其催化性能,拟计划使用molclus来进行合金体系构相搜索,然后用高斯进行结构优化,然后研究其催化性能,请问老师对于这类较多的金属原子团簇,molclus适合吗?我之前看到文献中有些是用分子动力学得到的团簇结构,例如CP2K. 似乎也有蒙特卡洛

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发表于 Post on 2020-12-31 17:38:21 | 只看该作者 Only view this author
原理上可以用。但是这类体系SCF收敛难度极高(尤其是初始结构偏离平衡结构较大的时候),要有心理准备。
具体是否可行看你具体用什么量化程序什么计算级别实现
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-31 18:07:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2020-12-31 18:30 编辑
sobereva 发表于 2020-12-31 17:38
原理上可以用。但是这类体系SCF收敛难度极高(尤其是初始结构偏离平衡结构较大的时候),要有心理准备。
...

抱歉,我刚刚太心急了,没有找到对应的molclu板块,给您添麻烦了

嗯,好的 谢谢老师,那我先试试,
请问在进行合金团簇构(NiFe)相搜索的时候,是使用molclus自带的genmer 还是xtb合适呢?
此外,在molclus中,有一个设定是:distmax:n=(如果结构中任意两个原子间的距离超过n埃则跳过这一帧)。请问对于我的这样的一个原子团簇(Ni Fe),您的建议值是?






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发表于 Post on 2021-1-2 00:04:06 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2020-12-31 18:07
抱歉,我刚刚太心急了,没有找到对应的molclu板块,给您添麻烦了

嗯,好的 谢谢老师,那我先试试,

genmer

不用管这个,保持默认的999就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-19 16:29:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-2 00:04
genmer

不用管这个,保持默认的999就行了

老师,您好,我尝试用molclus结合genmer进行NiFe团簇结构的搜索,设置构象搜索的数目为50,然后使用BP86/SDD 进行结构优化,结果都不收敛,,请问老师:如果我想搜索合金团簇(NiFe,Ni+Fe=10个原子),请问您推荐的软件是?

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发表于 Post on 2021-1-19 17:01:12 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-1-19 16:29
老师,您好,我尝试用molclus结合genmer进行NiFe团簇结构的搜索,设置构象搜索的数目为50,然后使用BP86/ ...

手动提交计算都大概率碰到SCF不收敛问题,别提自动搜索了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-19 17:20:08 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-1-19 17:01
手动提交计算都大概率碰到SCF不收敛问题,别提自动搜索了

嗯,我看到有些文章已经优化出Ni10的团簇结构,想使用Fe去替换Ni10团簇中的原子,但我又怕不能获得最佳的结构,因为这样感觉人为因素太大了

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发表于 Post on 2021-1-19 19:21:04 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-1-19 17:20
嗯,我看到有些文章已经优化出Ni10的团簇结构,想使用Fe去替换Ni10团簇中的原子,但我又怕不能获得最佳的 ...

可以考虑加个Fermi smearing,对于这种体系可以明显加速收敛,但是会引入一定误差(计算得到的是非零温度下的电子自由能,不是0K下的电子能)。用加了Fermi smearing的结果筛出一些最稳定结构,再在0K下计算能量,做进一步的筛选。
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-19 19:40:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-19 19:21
可以考虑加个Fermi smearing,对于这种体系可以明显加速收敛,但是会引入一定误差(计算得到的是非零温度 ...

请问是指在高斯输入文件中 加入scf=Fermi吗?

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发表于 Post on 2021-1-22 12:49:06 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-1-19 16:29
老师,您好,我尝试用molclus结合genmer进行NiFe团簇结构的搜索,设置构象搜索的数目为50,然后使用BP86/ ...

先用molclus+xtb做个预优化,然后再用molclus调用Gaussian/ORCA在DFT下去优化。初始结构越好SCF越容易收敛。
并且Gaussian里可以带着IOp(5/13=1),这样在结构还不是很理想因此SCF很难收敛的初期能够凑合跑过去(但g16不行)。最后自己检验一下每个备份出的文件优化最后一步收敛的时候SCF收敛到了什么情况


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发表于 Post on 2021-1-22 13:00:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-1-22 13:10 编辑

不建议用IOp(5/13=1),这个远不如用nosymm scf(xqc,maxcycle=128) stable=opt可靠(但stable=opt不能与opt freq联用,必须先带stable=opt算单点,然后读取波函数做opt freq),收敛的稳定解(尽管可能不是全局最低解,但)一定比 不收敛的解 可靠。虽然sob老师说了“最后自己检验一下每个备份出的文件优化最后一步收敛的时候SCF收敛到了什么情况”,实际情况很多用户可能看不报错,就压根不检查计算过程了或者看了但不知道SCF收敛到了什么情况
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