如何成功获取粗粒化模拟聚合物非键势参数？

Rukmors

大家好，我是一个分子动力学新手。我最近在学习如何用玻尔兹曼反演迭代（Inversion Boltzmann Iteration）的方法进行粗粒化势的获取，在进行非键作用势参数获取的时候，遇到了一些困惑。我的粗粒化模拟过程是这样的：其中，全原子模拟过程是将聚乙烯分子链在500K和1atm下进行NPT，然后再保持压强不变的情况下从500K降到300K，最后再300K和1atm下进行NPT。本来打算CG过程也是按照这个过程进行模拟的，但是在阅读Agrawal等人发表的论文Simultaneous Iterative Boltzmann Inversion forCoarse-graining of polyurea中，我发现作者提到了CG模拟过程中需要保持密度和温度不变，然后再进行NVE和NVT模拟。可是，当我用的聚乙烯链尝试这个方法的时候（注：我的映射规则是2:1映射，也就是重复单元CH2，因为是学习IBI方法，所以体系就选的小了一点，全原子模型原子数2100个，而映射后只有700个bead），虽然成功的获取了正确的键长、键角和二面角分布信息，但是在用相同的方法进行非键作用势参数获取的时候，发现直接用AA模型映射的CG文件得到的密度远小于全原子模型得到的密度，因此也就没有办法保证CG模拟时密度和AA的相同。同时，我在Peters等人发表的论文Coarse-Grained Modeling of Polyethylene Melts:Effect on Dynamics的Table1也看到了相应的表征。但是，据我所知，控制体系密度的不应该是只有控压命令吗？想请问各位，如何能够在CG模拟中保持体系密度不变呢？我的理解是，我觉得是不是应该在进行CG模拟的时候，适当的将所要模拟的CG模型进行扩链包括聚合度的增加从而保证密度的不变？还有就是我在进行粗粒化模拟的时候还需要注意哪些问题，还希望各位老师能够提些宝贵意见，谢谢。第一次发帖子，很珍惜这次机会，如果有没有按照本吧的发帖规范之处，还希望吧主能够及时提醒我，谢谢。

liuwb

你好呀，解决了吗