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[量化理论] 请问对于金属催化反应过程, DFTB和xtb两种方法是否适用,各有什么局限性?

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本帖最后由 hong1kun 于 2021-1-7 17:21 编辑

     由于DFTB和xTB都对计算进行了一定的近似处理,从而节省计算时间,可以计算大体系。所以本人希望能利用DFTB或xTB节省计算时间,从而实现对较大时间尺度和空间尺度的金属催化反应体系的计算。经过一定的调研后,本人有一些小疑问,希望和大家一起讨论一下。最后十分感谢各位的讨论与解答!

1. DFTB
    (1)在原理层次, DFTB2(scc-DFTB)和DFTB3均考虑到了自旋极化,应该是可以计算金属催化反应体系的。然而在文献调研过程中,发现虽然有使用DFTB方法研究爆轰反应机理(如[1],使用DFTB-NMD计算石墨烯的形成过程)的文献,但是很少见将其应用于金属催化体系的文献。
    请问是其参数局限性还是原理局限性的原因?还是DFTB本身参数集泛用性低的原因?
    (2)如果DFTB本身参数集泛用性低,是不是意味着对于例如分子筛催化剂,即使是相同的元素组成,不同的构型也会导致参数集不适用?
    个人感觉如果这样的话开发参数集的意义就降低了。比如原本想通过DFTB进行几何优化节省时间,然后再用其他方法做催化反应相关的计算,如果稍微变动体系,原来的参数集就不适用,因此费时开发DFTB参数用于初步几何优化,整体上反而节省不了时间。

2. xTB
   通过文献调研大致知道xtb中spin restricted,是不是应用到有电子转移、过渡金属的反应体系中就不准确?
    (1)本人在Grimme2020年的关于xTB的综述[2]的4.3 Reaction mechanism中,验证的参数集MOR41,WCCR10等均是关于配合物反应,个人经验来看,体系对于电子转移的计算要求较低。而且本节进一步举的反应的例子主要是说明xTB在一些情况下准确度比一些半经验的要好,是不是意味着xTB不太适合算含有电子转移的金属催化反应体系?
    (2)如果不太适合算,本人看到科音的博文[3]中提到使用xTB对DFT搜索的过渡态进行几何优化,从而节省计算时间,本人理解该文中做的算例中是进行的TS optimization,而不是TS search,您直接对DFT计算得到的过渡态进行优化。是不是意思是xTB可以计算过渡态的几何优化,而不能直接做到过渡态搜索或MD模拟。   

[1] DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00158
[2] DOI: 10.1002/wcms.1493
[3] 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用(421)

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发表于 Post on 2021-1-7 16:47:00 | 只看该作者 Only view this author
可以用这两种方法进行粗优化,但是作为发表的结果还是差了一些
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-7 17:08:57 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
测试过一些过渡金属和稀土金属体系,xtb有时给的结果很离谱。对于DFTB,大多数过渡金属元素没有相关的经验参数

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发表于 Post on 2021-1-8 00:31:48 | 只看该作者 Only view this author
应当区分清楚xtb和GFN-xTB,前者是程序,后者是理论方法,而且还分为不同版本

目前据我所知,没听说GFN-xTB不太适合算含有电子转移的金属催化反应体系,但我也没有看过相应的文章证明这个适合。

本身GFN-xTB的精度就很有限,如果只是算某个单一体系而不是一大批,且又不是大到DFT真的算不动的情况,用GFN-xTB还是会受质疑的。这种情况建议GFN-xTB只拿来做预优化,初步跑跑找找感觉,实际拿来发文章的时候还是用DFT来做。

一般语境下TS optimization和TS search是同义词,都是找过渡态的结构,本质上没有区别。至于某些基于反应物自动寻找过渡态的算法那是另一码事。

GFN-xTB流行起来之后,DFTB就失势了,我不建议再去考虑DFTB,况且折腾参数也麻烦。
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