关于不能交换轨道的问题（我也不知道怎么描述）

hhwang · 发表于 Post on 2021-7-25 23:04:10

zjxitcc 发表于 2021-1-16 21:56
MOKIT算37s就搞定了，不用看、挑任何轨道。假设你装好了MOKIT（免费开源，https://gitlab.com/jxzou/mokit ...

老师，我安装了您上述提到的几个软件和mokit，在上交超算提交作业需要用到slurm脚本，我测试了mokit软件，直接在登录节点提交的输出文件有图片所示这些，可以正常运行，但是超算是禁止在节点上提交作业的。
如果用脚本提交则无法得到输出文件，也没有报错信息，脚本文件输入为：
#!/bin/bash

#SBATCH -J mokit_test
#SBATCH -p small
#SBATCH -n 2
#SBATCH -v
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
#SBATCH --ntasks-per-node=2

automr methanol_2.5_cc-pVDZ.gjf >& methanol_2.5_cc-pVDZ.out &

有一个问题是，老师，请问脚本这样写有什么问题吗？

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-25 23:11:37

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-25 23:13 编辑

hhwang 发表于 2021-7-25 23:04
老师，我安装了您上述提到的几个软件和mokit，在上交超算提交作业需要用到slurm脚本，我测试了mokit软件 ...

“超算是禁止在节点上提交作业的”不够准确，应该是禁止在登录节点（主节点）提交计算任务。

你试试把
automr methanol_2.5_cc-pVDZ.gjf >& methanol_2.5_cc-pVDZ.out &
中最后一个&符号去掉。还不行的话再贴出你的输入文件、脚本内容等（注意仔细寻找报错信息，屏幕上、队列系统输出文件、automr输出文件等，总共就几秒，多盯一会，没有更多信息肯定是没法解决问题的，必然会有其他信息的，只是你可能没注意）

另外，你的截图是没给全？还是没算完？咋没看见CASSCF相关文件，你算的是CASSCF么？

hhwang · 发表于 Post on 2021-7-25 23:48:44

本帖最后由 hhwang 于 2021-7-26 00:01 编辑

zjxitcc 发表于 2021-7-25 23:11
“超算是禁止在节点上提交作业的”不够准确，应该是禁止在登录节点（主节点）提交计算任务。

你试试 ...

不好意思呀老师，上面笔误。
谢谢老师，把 & 去掉之后能够计算了，我用的您上面给的输入文件进行的测试，但是methanol_2.5_cc-pVDZ.out出现了下述报错：
ERROR in subroutine read_gvb_energy_from_gms: no GVB energy found in
file methanol_2.5_cc-pVDZ_uhf_uno_asrot2gvb9.gms. You can open this file and check
whether the SCF oscillates. If yes, reducing the number of processors and re-run
may do dome help.
打开methanol_2.5_cc-pVDZ_uhf_uno_asrot2gvb9.gms文件之后报错信息如下：
The GAMESS executable gamess.01.x or else the DDIKICK executable ddikick.x could not be found in directory /lustre/home/acct-mezzy/mezzy/SOFTWARE/gamess/gamess, or else they did not properly link to executable permission.
我检查了一下gamess的环境变量，就写了一行：
export GMS=/lustre/home/acct-mezzy/mezzy/SOFTWARE/gamess/gamess/rungms 检查 /lustre/home/acct-mezzy/mezzy/SOFTWARE/gamess/gamess文件夹，发现缺少了gamess.01.x，我的文件夹里是gamess.00.x，
老师，是我的gamess安装存在问题吗？还是其他的问题，请问该怎么解决呀？

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-26 00:07:58

hhwang 发表于 2021-7-25 23:48
不好意思呀老师，上面笔误。
谢谢老师，把 & 去掉之后能够计算了，我用的您上面给的输入文件进行的测试 ...

看手册4.4.10节，MOKIT程序手册就在doc/目录下。

hhwang · 发表于 Post on 2021-7-26 01:35:19

zjxitcc 发表于 2021-7-26 00:07
看手册4.4.10节，MOKIT程序手册就在doc/目录下。

老师，现在又出现了下面问题，没有找到具体原因，请问为什么会有下面报错？
E(GVB) = -152.92114156 a.u.
dat2fch: error while loading shared libraries: libmkl_rt.so: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR in subroutine do_gvb: failed to call utility dat2fch.
Did you delete it or forget to compile it?

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-26 09:37:51

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-26 09:39 编辑

hhwang 发表于 2021-7-26 01:35
老师，现在又出现了下面问题，没有找到具体原因，请问为什么会有下面报错？
E(GVB) = -152.9211415 ...

表层原因：找不到动态库文件libmkl_rt.so
深一层原因：MKL库环境变量没写或没写对；或者在编译MOKIT时加载了Intel编译器（一般内含MKL）环境变量、但运行时忘记在脚本里加上加载Intel编译器环境变量的指令。

例如，集群一般使用module load intelxxxx加载指定版本的Intel编译器，你可能编译时加载了，但没将其写进~/.bashrc，导致退出重登就失效了；你可能也没写进slurm脚本里，所以系统已经忘记你的Intel编译器环境变量了。

hhwang · 发表于 Post on 2021-7-26 19:14:44

zjxitcc 发表于 2021-7-26 09:37
表层原因：找不到动态库文件libmkl_rt.so
深一层原因：MKL库环境变量没写或没写对；或者在编译MOKIT时 ...

老师，现在在脚本和环境变量中加上了Intel编译器，但还是提醒
sh: dat2fch: command not found
ERROR in subroutine do_gvb: failed to call utility dat2fch.
Did you delete it or forget to compile it?
是缺少了dat2fch.sh文件吗？这个文件需要自己编译吗？

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-26 21:24:09

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-26 21:29 编辑

hhwang 发表于 2021-7-26 19:14
老师，现在在脚本和环境变量中加上了Intel编译器，但还是提醒
sh: dat2fch: command not found
ERROR i ...

不是，是缺少dat2fch可执行程序。这个报错不太可能，你上面dat2fch: error while loading shared libraries说明已存在dat2fch可执行程序，但缺Intel动态库；而你现在连dat2fch都找不到了，说明你的环境变量很有问题，要么他人、要么你自己随意更改了MOKIT环境变量，连dat2fch都找不到了；又或者是你编译MOKIT时压根没成功，你没注意看屏幕上有错误。

正常执行make all编译完，是有dat2fch可执行程序的。

hhwang · 发表于 Post on 2021-7-26 22:58:28

zjxitcc 发表于 2021-7-26 21:24
不是，是缺少dat2fch可执行程序。这个报错不太可能，你上面dat2fch: error while loading shared librari ...

老师，重新安装了mokit，methanol_2.5_cc-pVDZ.out文件结尾显示Normal termination of AutoMR at Mon Jul 26 22:52:21 2021，给出了活化空间CASSCF(4,4) ，这样应该是正常结束了。非常感谢您！！！

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