计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16622|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:gromacs如何生成原子受力分布图

[复制链接 Copy URL]

69

帖子

0

威望

1426

eV
积分
1495

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
最近用gromacs研究每个原子得受力情况,看到别人论文力有这样也有类似得云图生成。我也按照sob老师在http://sobereva.com/36这篇博文中通过trr文件提取出每个原子得受力。然后我得思路是用gmx densmap得出xy轴坐标,然后将原子受力对应上,后来发现无法对应上,所以想请问sob老师和各位老师有什么办法可以得到如图中所示得原子在SMD过程中受力分布云图呢?谢谢各位老师

受力图.jpg (38.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 68)

受力图.jpg

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-1-23 06:23:34 | 只看该作者 Only view this author
没现成的工具,只能自己写程序分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

69

帖子

0

威望

1426

eV
积分
1495

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 10:45:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-23 06:23
没现成的工具,只能自己写程序分析

Sob老师,如果要写的话,VMD能否实现呢

313

帖子

2

威望

3872

eV
积分
4225

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-1-23 11:41:28 | 只看该作者 Only view this author
请问这个图是哪篇文章?另外它这个图是对一帧结构做分析,还是对整段轨迹?

69

帖子

0

威望

1426

eV
积分
1495

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 13:04:18 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2021-1-23 11:41
请问这个图是哪篇文章?另外它这个图是对一帧结构做分析,还是对整段轨迹?

https://doi.org/10.1073/pnas.1800098115
看他的支撑材料是对每一帧进行分析的

3

帖子

0

威望

29

eV
积分
32

Level 2 能力者

6#
发表于 Post on 2021-7-15 08:51:40 | 只看该作者 Only view this author
您好!想请教一下原子的力怎么输出,我的trr轨迹文件只能输出坐标x和速度v,需要改动什么地方,或者有其他什么方法,谢谢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-7-18 01:36:18 | 只看该作者 Only view this author
shizhao 发表于 2021-7-15 08:51
您好!想请教一下原子的力怎么输出,我的trr轨迹文件只能输出坐标x和速度v,需要改动什么地方,或者有其他 ...

mdp里必须设nstfout才能让trr里记录受力信息,从而之后提取
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

29

eV
积分
32

Level 2 能力者

8#
发表于 Post on 2021-7-19 21:49:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shizhao 于 2021-7-20 15:20 编辑

谢谢老师!!没有想到改mdp了,光想着要改dump头文件什么了。

173

帖子

0

威望

1790

eV
积分
1963

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2022-4-2 19:47:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-18 01:36
mdp里必须设nstfout才能让trr里记录受力信息,从而之后提取

老师,原子的力是什么命令能够提取出来呢?
独立之精神 自由之思想

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2022-4-3 20:28:50 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-4-2 19:47
老师,原子的力是什么命令能够提取出来呢?

看你想以什么形式提取
gmx traj和gmx dump都可以实现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

226

eV
积分
231

Level 3 能力者

11#
发表于 Post on 2025-11-17 22:01:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-18 01:36
mdp里必须设nstfout才能让trr里记录受力信息,从而之后提取

sob老师您好,我在mdp里设了nstxout,nstvout,nstfout,但trr里只有x,v的信息,没有受力信息是什么原因?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2025-11-18 02:28:08 | 只看该作者 Only view this author
Plat1num 发表于 2025-11-17 22:01
sob老师您好,我在mdp里设了nstxout,nstvout,nstfout,但trr里只有x,v的信息,没有受力信息是什么原因?

要么没设对,要么理解错误。说清楚具体怎么设的、怎么判断的没有受力信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

226

eV
积分
231

Level 3 能力者

13#
发表于 Post on 2025-11-18 08:23:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-18 02:28
要么没设对,要么理解错误。说清楚具体怎么设的、怎么判断的没有受力信息

mdp文件如下,我用"gmx trjconv -f 100ps.trr -dt 100 -o 2.trr"命令把100ps的轨迹提取出两帧出来到2.trr,然后用"gmx dump -f 2.trr > info.out"命令,从info.out里面只看到x,v的信息。由于用2.trr 生成的 info.out太大,我附件给出了只记录磷原子P的info.out文件。

100ps.mdp

1.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

2.trr

3.24 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

info.out

58.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2025-11-18 10:01:02 | 只看该作者 Only view this author
Plat1num 发表于 2025-11-18 08:23
mdp文件如下,我用"gmx trjconv -f 100ps.trr -dt 100 -o 2.trr"命令把100ps的轨迹提取出两帧出来到2.trr ...
先用gmx check -f [trr文件]检查里面的内容,如果显示有受力,尝试gmx dump对完整轨迹进行处理,在里面找
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 05:39 , Processed in 0.568790 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list