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[建模与可视化] VMD使用Jmol风格的颜色策略

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发表于 2021-1-24 14:48:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
关于Jmol的颜色可以参考官网的手册:http://jmol.sourceforge.net/jscolors/

VMD中使用Jmol的颜色,为了防止和默认的颜色冲突,没有直接修改原来的色号的RGB,而是直接定义了一些更高序号的颜色

  1. color change rgb 101 1.00 1.00 1.00
  2. color change rgb 102 0.85 1.00 1.00
  3. color change rgb 103 0.80 0.50 1.00
  4. color change rgb 104 0.76 1.00 0.00
  5. color change rgb 105 1.00 0.71 0.71
  6. color change rgb 106 0.56 0.56 0.56
  7. color change rgb 107 0.19 0.31 0.97
  8. color change rgb 108 1.00 0.05 0.05
  9. color change rgb 109 0.56 0.88 0.31
  10. color change rgb 110 0.70 0.89 0.96
  11. color change rgb 111 0.67 0.36 0.95
  12. color change rgb 112 0.54 1.00 0.00
  13. color change rgb 113 0.75 0.65 0.65
  14. color change rgb 114 0.94 0.78 0.63
  15. color change rgb 115 1.00 0.50 0.00
  16. color change rgb 116 1.00 1.00 0.19
  17. color change rgb 117 0.12 0.94 0.12
  18. color change rgb 118 0.50 0.82 0.89
  19. color change rgb 119 0.56 0.25 0.83
  20. color change rgb 120 0.24 1.00 0.00
  21. color change rgb 121 0.90 0.90 0.90
  22. color change rgb 122 0.75 0.76 0.78
  23. color change rgb 123 0.65 0.65 0.67
  24. color change rgb 124 0.54 0.60 0.78
  25. color change rgb 125 0.61 0.48 0.78
  26. color change rgb 126 0.88 0.40 0.20
  27. color change rgb 127 0.94 0.56 0.63
  28. color change rgb 128 0.31 0.82 0.31
  29. color change rgb 129 0.78 0.50 0.20
  30. color change rgb 130 0.49 0.50 0.69
  31. color change rgb 131 0.76 0.56 0.56
  32. color change rgb 132 0.40 0.56 0.56
  33. color change rgb 133 0.74 0.50 0.89
  34. color change rgb 134 1.00 0.63 0.00
  35. color change rgb 135 0.65 0.16 0.16
  36. color change rgb 136 0.36 0.72 0.82
  37. color change rgb 137 0.44 0.18 0.69
  38. color change rgb 138 0.00 1.00 0.00
  39. color change rgb 139 0.58 1.00 1.00
  40. color change rgb 140 0.58 0.88 0.88
  41. color change rgb 141 0.45 0.76 0.79
  42. color change rgb 142 0.33 0.71 0.71
  43. color change rgb 143 0.23 0.62 0.62
  44. color change rgb 144 0.14 0.56 0.56
  45. color change rgb 145 0.04 0.49 0.55
  46. color change rgb 146 0.00 0.41 0.52
  47. color change rgb 147 0.75 0.75 0.75
  48. color change rgb 148 1.00 0.85 0.56
  49. color change rgb 149 0.65 0.46 0.45
  50. color change rgb 150 0.40 0.50 0.50
  51. color change rgb 151 0.62 0.39 0.71
  52. color change rgb 152 0.83 0.48 0.00
  53. color change rgb 153 0.58 0.00 0.58
  54. color change rgb 154 0.26 0.62 0.69
  55. color change rgb 155 0.34 0.09 0.56
  56. color change rgb 156 0.00 0.79 0.00
  57. color change rgb 157 0.44 0.83 1.00
  58. color change rgb 158 1.00 1.00 0.78
  59. color change rgb 159 0.85 1.00 0.78
  60. color change rgb 160 0.78 1.00 0.78
  61. color change rgb 161 0.64 1.00 0.78
  62. color change rgb 162 0.56 1.00 0.78
  63. color change rgb 163 0.38 1.00 0.78
  64. color change rgb 164 0.27 1.00 0.78
  65. color change rgb 165 0.19 1.00 0.78
  66. color change rgb 166 0.12 1.00 0.78
  67. color change rgb 167 0.00 1.00 0.61
  68. color change rgb 168 0.00 0.90 0.46
  69. color change rgb 169 0.00 0.83 0.32
  70. color change rgb 170 0.00 0.75 0.22
  71. color change rgb 171 0.00 0.67 0.14
  72. color change rgb 172 0.30 0.76 1.00
  73. color change rgb 173 0.30 0.65 1.00
  74. color change rgb 174 0.13 0.58 0.84
  75. color change rgb 175 0.15 0.49 0.67
  76. color change rgb 176 0.15 0.40 0.59
  77. color change rgb 177 0.09 0.33 0.53
  78. color change rgb 178 0.82 0.82 0.88
  79. color change rgb 179 1.00 0.82 0.14
  80. color change rgb 180 0.72 0.72 0.82
  81. color change rgb 181 0.65 0.33 0.30
  82. color change rgb 182 0.34 0.35 0.38
  83. color change rgb 183 0.62 0.31 0.71
  84. color change rgb 184 0.67 0.36 0.00
  85. color change rgb 185 0.46 0.31 0.27
  86. color change rgb 186 0.26 0.51 0.59
  87. color change rgb 187 0.26 0.00 0.40
  88. color change rgb 188 0.00 0.49 0.00
  89. color change rgb 189 0.44 0.67 0.98
  90. color change rgb 190 0.00 0.73 1.00
  91. color change rgb 191 0.00 0.63 1.00
  92. color change rgb 192 0.00 0.56 1.00
  93. color change rgb 193 0.00 0.50 1.00
  94. color change rgb 194 0.00 0.42 1.00
  95. color change rgb 195 0.33 0.36 0.95

  96. #Element
  97. color Element H  101
  98. color Element He 102
  99. color Element Li 103
  100. color Element Be 104
  101. color Element B  105
  102. color Element C  106
  103. color Element N  107
  104. color Element O  108
  105. color Element F  109
  106. color Element Ne 110
  107. color Element Na 111
  108. color Element Mg 112
  109. color Element Al 113
  110. color Element Si 114
  111. color Element P  115
  112. color Element S  116
  113. color Element Cl 117
  114. color Element Ar 118
  115. color Element K  119
  116. color Element Ca 120
  117. color Element Sc 121
  118. color Element Ti 122
  119. color Element V  123
  120. color Element Cr 124
  121. color Element Mn 125
  122. color Element Fe 126
  123. color Element Co 127
  124. color Element Ni 128
  125. color Element Cu 129
  126. color Element Zn 130
  127. color Element Ga 131
  128. color Element Ge 132
  129. color Element As 133
  130. color Element Se 134
  131. color Element Br 135
  132. color Element Kr 136
  133. color Element Rb 137
  134. color Element Sr 138
  135. color Element Y  139
  136. color Element Zr 140
  137. color Element Nb 141
  138. color Element Mo 142
  139. color Element Tc 143
  140. color Element Ru 144
  141. color Element Rh 145
  142. color Element Pd 146
  143. color Element Ag 147
  144. color Element Cd 148
  145. color Element In 149
  146. color Element Sn 150
  147. color Element Sb 151
  148. color Element Te 152
  149. color Element I  153
  150. color Element Xe 154
  151. color Element Cs 155
  152. color Element Ba 156
  153. color Element La 157
  154. color Element Ce 158
  155. color Element Pr 159
  156. color Element Nd 160
  157. color Element Pm 161
  158. color Element Sm 162
  159. color Element Eu 163
  160. color Element Gd 164
  161. color Element Tb 165
  162. color Element Dy 166
  163. color Element Ho 167
  164. color Element Er 168
  165. color Element Tm 169
  166. color Element Yb 170
  167. color Element Lu 171
  168. color Element Hf 172
  169. color Element Ta 173
  170. color Element W  174
  171. color Element Re 175
  172. color Element Os 176
  173. color Element Ir 177
  174. color Element Pt 178
  175. color Element Au 179
  176. color Element Hg 180
  177. color Element Tl 181
  178. color Element Pb 182
  179. color Element Bi 183
  180. color Element Po 184
  181. color Element At 185
  182. color Element Rn 186
  183. color Element Fr 187
  184. color Element Ra 188
  185. color Element Ac 189
  186. color Element Th 190
  187. color Element Pa 191
  188. color Element U  192
  189. color Element Np 193
  190. color Element Pu 194
  191. color Element Am 195

  192. #Name
  193. color Name H  101
  194. color Name O  108
  195. color Name N  107
  196. color Name C  106
  197. color Name S  116
  198. color Name P  115
  199. color Name L  103
  200. color Name F  109

  201. #Type
  202. color Type H  101
  203. color Type O  108
  204. color Type N  107
  205. color Type C  106
  206. color Type S  116
  207. color Type P  115
  208. color Type L  103
  209. color Type F  109

  210. color change rgb 201 0.78 0.78 0.78
  211. color change rgb 202 0.08 0.35 1.00
  212. color change rgb 203 0.00 0.86 0.86
  213. color change rgb 204 0.90 0.04 0.04
  214. color change rgb 205 0.90 0.90 0.00
  215. color change rgb 206 0.00 0.86 0.86
  216. color change rgb 207 0.90 0.04 0.04
  217. color change rgb 208 0.92 0.92 0.92
  218. color change rgb 209 0.51 0.51 0.82
  219. color change rgb 210 0.06 0.51 0.06
  220. color change rgb 211 0.06 0.51 0.06
  221. color change rgb 212 0.08 0.35 1.00
  222. color change rgb 213 0.90 0.90 0.00
  223. color change rgb 214 0.20 0.20 0.67
  224. color change rgb 215 0.86 0.59 0.51
  225. color change rgb 216 0.98 0.59 0.00
  226. color change rgb 217 0.98 0.59 0.00
  227. color change rgb 218 0.71 0.35 0.71
  228. color change rgb 219 0.20 0.20 0.67
  229. color change rgb 220 0.06 0.51 0.06
  230. color change rgb 221 1.00 0.41 0.71
  231. color change rgb 222 1.00 0.41 0.71

  232. #Resname
  233. color Resname ALA 201
  234. color Resname ARG 202
  235. color Resname ASN 203
  236. color Resname ASP 204
  237. color Resname CYS 205
  238. color Resname GLN 206
  239. color Resname GLU 207
  240. color Resname GLY 208
  241. color Resname HIS 209
  242. color Resname ILE 210
  243. color Resname LEU 211
  244. color Resname LYS 212
  245. color Resname MET 213
  246. color Resname PHE 214
  247. color Resname PRO 215
  248. color Resname SER 216
  249. color Resname THR 217
  250. color Resname TRP 218
  251. color Resname TYR 219
  252. color Resname VAL 220
复制代码


在VMD的安装路径下找到vmd.rc,用记事本打开然后把上面的这些代码复制粘贴到后面,保存然后启动VMD即可生效

如果觉得内容太长影响vmd.rc的管理的化,也可以将上述内容保存为一个独立的tcl脚本,在vmd.rc中引用这个脚本。

例如我的VMD安装在D:\Software\VMD路径下,将上述脚本内容保存为JmolColor.tcl文件,然后再在vmd.rc中添加如下语句引用这个脚本。
  1. source {D:\Software\VMD\JmolColor.tcl}
复制代码


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发表于 2021-3-2 20:19:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 tjuptz 于 2021-3-6 14:50 编辑

请问,我按照楼主的方法做了后,打开vmd为啥显示Unable to change color name?已解决,加载分子后再source这个文件就可以了
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