求助，蛋白小分子结合模拟，NVT、NPT系综的先后对结果的影响

rookie · 发表于 Post on 2021-1-26 21:41:19

我想用gromacs对蛋白和小分子结合进行模拟，然后我看官网教程是先NVT,再NPT。

NPT是最接近常规生物实验条件的，但NPT的计算性能不如NVT。另外，NPT会改变原胞的形状（调整体积以使压强恒定），然后就是我的体系形状不会有太大改变的，
所以我想的是先在NPT系综下进行预平衡，让体系弛豫到稳态，然后再转到NVT系综进行长时间动力学采样。就是加热在NVT系综下，然后进行NPT、NVT的平衡，最后再NVT采样。

这样出来的结果和官网教程比较，哪个结果会更好呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-26 22:00:22

全都用NPT，没必要瞎折腾
很多教程里用NVT都是多余的
性能差异可以忽略不计

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-1-26 22:01:17

现在的计算条件控压器影响应该很小了，不太建议跑NVT系综了，当然你硬要这么跑感觉也没什么问题

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[GROMACS] 求助，蛋白小分子结合模拟，NVT、NPT系综的先后对结果的影响