计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-8-13 23:45:48

sobereva 发表于 2021-8-13 22:48
算不动
另外，这种报错可以在脚本里的opt关键词里加入cartesian关键词解决。

谢谢社长的回复！
还请问下社长，如果是对重复单元算的话，我可以认为重复单元是电中性的，所以自选多重度的设定也不需要改动对吧？
不过聚合物头部和尾部的单元，会多一个氢原子和羟基，这两个我需要单独算是吗？并且是有净电荷的对吧？请问下社长这个电荷和自选多重度应该怎么设定呢？
如果我前面的理解是对的话，最后聚合物的原子电荷就是头上的单元+N*重复单元+尾上的单元合并起来得到对吗？
谢谢社长！

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-14 04:31:54

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 23:45
谢谢社长的回复！
还请问下社长，如果是对重复单元算的话，我可以认为重复单元是电中性的，所以自选多重 ...

整体净电荷为0

实际计算用聚合度较低的模型来算，比如五聚体，两头的单元的原子电荷作为模拟实际聚合物两头的单元的原子电荷，五聚体最中间那个单元的原子电荷通过简单复制作为实际聚合物中所有不处在两头的单元的原子电荷

mgqqlwq · 发表于 Post on 2021-8-14 06:46:14

sobereva 发表于 2021-8-14 04:31
整体净电荷为0

实际计算用聚合度较低的模型来算，比如五聚体，两头的单元的原子电荷作为模拟实际聚合 ...

明白了，非常感谢社长的解答！

naoki · 发表于 Post on 2021-12-10 20:04:21

sobereva 发表于 2021-1-29 19:34
笔误改了

Na用+1.2明显说不通。用RESP2明显有意义得多

Sob老师好，我想请教您一下，我想对聚合物结构单元计算1.2*CM5电荷，但是发现Multiwfn主功能7下的子功能-16计算1.2*CM5电荷不像RESP模块可以设置等价性约束，如果想约束的话该如何实现呢，谢谢您！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-10 22:41:49

naoki 发表于 2021-12-10 20:04
Sob老师好，我想请教您一下，我想对聚合物结构单元计算1.2*CM5电荷，但是发现Multiwfn主功能7下的子功能- ...

手动平均等价原子

naoki · 发表于 Post on 2021-12-10 23:42:57

喵星大佬发表于 2021-12-10 22:41
手动平均等价原子

大佬好，您觉得对于聚合物OPLS-AA算1.2*CM5电荷手动平均等价原子更合理，还是等价约束算RESP2更合理呢，谢谢~

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-11 00:23:45

naoki 发表于 2021-12-10 23:42
大佬好，您觉得对于聚合物OPLS-AA算1.2*CM5电荷手动平均等价原子更合理，还是等价约束算RESP2更合理呢， ...

我觉得这两个方法算出来的电荷看上去应该区别不大

不过聚合物的话你要怎么算这两种电荷

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-11 04:39:37

naoki 发表于 2021-12-10 20:04
Sob老师好，我想请教您一下，我想对聚合物结构单元计算1.2*CM5电荷，但是发现Multiwfn主功能7下的子功能- ...

只有拟合静电势电荷在原理上才能实现等价性约束，其它原子电荷都不能，只能之后求平均。
原理上人为平均不如等价性约束来得理想，但差距不大，可以接受

naoki · 发表于 Post on 2021-12-11 13:48:00

喵星大佬发表于 2021-12-11 00:23
我觉得这两个方法算出来的电荷看上去应该区别不大

不过聚合物的话你要怎么算这两种电荷

我想按Sob老师在17楼的回复先试试，但是我的体系是2-3官能度教练聚合物，可能搞起来比较麻烦

naoki · 发表于 Post on 2021-12-11 13:48:34

sobereva 发表于 2021-12-11 04:39
只有拟合静电势电荷在原理上才能实现等价性约束，其它原子电荷都不能，只能之后求平均。
原理上人为平均 ...

谢谢Sob老师解惑~

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-11-18 10:46:53

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览，您当前积分为 0

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-19 01:21:25

七尺贱发表于 2023-11-18 10:46
**** 本内容被作者隐藏 ****

有机体系基本都可以用OPLS-AA，但极少有非用OPLS-AA不可的时候

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-11-20 13:06:32

sobereva 发表于 2023-11-19 01:21
有机体系基本都可以用OPLS-AA，但极少有非用OPLS-AA不可的时候

谢谢社长

一条君 · 发表于 Post on 2024-1-21 23:41:35

sobereva 发表于 2021-1-29 19:34
笔误改了

Na用+1.2明显说不通。用RESP2明显有意义得多

老师，（1）针对【Na用+1.2明显说不通】延展的一个问题，比如NaPF6，阴离子用了0.8*OPLS-2009IL 的电荷，也就是阴离子电荷为-0.8，那么对应的钠离子电荷用+0.8是没有问题的吧？
（2）针对【聚丙烯酸钠，要用opls力场——最后建议用1.2*CM5】延展的一个问题，此时聚丙烯酸阴离子是属于带电体系吧，仍然是建议1.2*CM5吗 {3# 3楼的回答1（Na用+1.2...）和回答3区别在哪里呢），谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-22 02:48:13

一条君发表于 2024-1-21 23:41
老师，（1）针对【Na用+1.2明显说不通】延展的一个问题，比如NaPF6，阴离子用了0.8*OPLS-2009IL 的电荷， ...

对一个体系，用诸如1.2、-0.8这样的净电荷，除非有文章证明过对此类体系这种情况的电荷能得到合理结果，否则不要随便用。

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[综合交流] 计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本