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[GROMACS] GROMACS的logo有所退步

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发表于 2021-1-31 02:51:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
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2021版也没什么像样的新功能

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 2021-1-31 09:57:23 | 显示全部楼层
本帖最后由 冰释之川 于 2021-1-31 09:58 编辑

2021版是不是又缩水了一些功能
(别人家软件迭代更新做加法,他们家反其道而行之,大胆预测GMX20XX版只剩下壳子了)

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发表于 2021-1-31 11:19:38 | 显示全部楼层
那现在用gromacs用2021新版本可以吗?性能和结果上会有什么问题不?

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发表于 2021-1-31 11:53:01 | 显示全部楼层
MD现在也没什么新算法了,怎么发展都是这几套功能

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发表于 2021-1-31 11:58:00 | 显示全部楼层
是不是疫情使得程序开发者闹心

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 楼主| 发表于 2021-1-31 12:18:23 | 显示全部楼层
gmx 2021支持了多时间步(比如非键作用可以每隔两步算一次,使得同样耗时下可以跑更长时间。但我担心这会引入不少新bug)
gmx 2021还支持了stochastic cell rescaling压浴,据说平衡相和产生相都可以用这个,省得Berendesen->PR压浴切换了
自由能计算时支持了GPU做PME部分

功能倒是没砍
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sobereva 发表于 2021-1-31 12:18
gmx 2021支持了多时间步(比如非键作用可以每隔两步算一次,使得同样耗时下可以跑更长时间。但我担心这会引 ...

说实在的,这些功能都不值得大版本号更新

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 楼主| 发表于 2021-1-31 16:30:30 | 显示全部楼层
coolrainbow 发表于 2021-1-31 14:12
说实在的,这些功能都不值得大版本号更新

从gmx 5开始,除了计算速度不断改进之外,称得上明显的功能上的进步几乎没什么,2019还砍了GB模型,2020还对gcc编译器版本要求大幅提升导致CentOS 7无法直接编译,挺烦人。这回2021又把cmake版本要求提升到>=3.13,CentOS 8目前的源的cmake都没这么新,讨厌极了。

我都纳闷gmx的开发者都干嘛去了。虽然还不断加入了一些零零碎碎的特征,诸如Python API什么的,但有精力弄那些无关痛痒的东西还不如弄点对大多数用户更有意义的东西,诸如官方的MMPBSA功能、QM/MM接口,或者哪怕多写一些像amber官网上那种比较系统深入的教程也好。
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发表于 2021-1-31 17:05:11 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-1-31 12:18
gmx 2021支持了多时间步(比如非键作用可以每隔两步算一次,使得同样耗时下可以跑更长时间。但我担心这会引 ...

多时间步NAMD里之前就有了,感觉目前不见得是特别有用的技术

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发表于 2021-1-31 18:10:25 | 显示全部楼层
本帖最后由 k64_cc 于 2021-1-31 18:26 编辑
coolrainbow 发表于 2021-1-31 14:12
说实在的,这些功能都不值得大版本号更新

FEP在GPU下算PME还是值得的。之前算alchemical process的时候效率奇低,过于智障。
溶剂模型什么的都是小事情,他们前几版连noPBC都给砍了,非常震撼。
MM/PBSA其实不必,现在算力提升这么大,FEP多香啊。

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发表于 2021-2-1 02:41:34 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-1-31 16:30
从gmx 5开始,除了计算速度不断改进之外,称得上明显的功能上的进步几乎没什么,2019还砍了GB模型,2020 ...

现在加python API是一种潮流,虽然90%感觉没什么用。其实反倒VMD里如果把tcl控制台的全部功能移植到python更有用些。毕竟会python的比会tcl的要多得多,而且python的数值计算要比tcl快的多

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发表于 2021-2-1 20:01:25 | 显示全部楼层
coolrainbow 发表于 2021-2-1 02:41
现在加python API是一种潮流,虽然90%感觉没什么用。其实反倒VMD里如果把tcl控制台的全部功能移植到pytho ...

VMD只有一个开发者 兼容osx都要靠热心群众

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发表于 2021-2-2 14:30:53 | 显示全部楼层
好像VMD的作者以前是做游戏的

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Nerv

发表于 2021-2-26 19:40:41 | 显示全部楼层
看了楼上讨论莫名喜感
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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发表于 2021-3-1 03:20:05 | 显示全部楼层
这样的话是不是gmx的用户会有一大部分被namd取代?感觉开源的软件就这两个稍微好用点
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