求助：牵引过程中如何实现计算扩散系数

chuanghao · 发表于 Post on 2021-1-31 16:01:05

本帖最后由 chuanghao 于 2021-1-31 16:02 编辑

做一个考察小分子穿过双层膜难易程度的模拟，参考文献作法，将小分子沿Z轴牵引穿过双层膜，得到小分子在不同Z位置沿Z方向的扩散系数。在这里扩散系数是根据图片中的公式做的，请问在gromacs里该如何实现得到这个扩散系数。另外，这里是否可以使用MSD来得到这个扩散系数。

k64_cc · 发表于 Post on 2021-1-31 18:05:45

本帖最后由 k64_cc 于 2021-1-31 18:08 编辑

他都写了公式，照着来呗。constraint之后去掉constraint来rerun，重算各个frame里z方向的力，拿它做自相关系数。

z方向被限制了，没有MSD。

考察穿膜难易程度还是算自由能吧，这个简单。diffusion用来讲穿膜难易程度有点大材小用，一般都是用来分析一些动力学信息的。

chuanghao · 发表于 Post on 2021-1-31 19:45:36

k64_cc 发表于 2021-1-31 18:05
他都写了公式，照着来呗。constraint之后去掉constraint来rerun，重算各个frame里z方向的力，拿它做自相关 ...

非常感谢。

zhuhuilin · 发表于 Post on 2021-3-15 21:00:58

你好，想知道这种体系表面一定距离内（比如4A）的水扩散系数如何用MSD计算，谢谢！

chuanghao · 发表于 Post on 2021-3-16 14:53:56

zhuhuilin 发表于 2021-3-15 21:00
你好，想知道这种体系表面一定距离内（比如4A）的水扩散系数如何用MSD计算，谢谢！

也许你可以找几个整个轨迹内都在这个范围内的水分子，选定为一个组去计算它的MSD并计算扩散系数？

EdwardLimit · 发表于 Post on 2021-12-24 12:05:00

您好！我最近也想用这个方法计算扩散系数，想问下您能把原始文献分享一下嘛！谢谢!

chuanghao · 发表于 Post on 2021-12-26 21:53:38

EdwardLimit 发表于 2021-12-24 12:05
您好！我最近也想用这个方法计算扩散系数，想问下您能把原始文献分享一下嘛！谢谢!

In-Silico Skin Model: A Multiscale Simulation Study of Drug Transport （J. Chem. Inf. Model. 2017, 57, 8, 2027–2034）

EdwardLimit · 发表于 Post on 2021-12-30 15:54:46

chuanghao 发表于 2021-12-26 21:53
In-Silico Skin Model: A Multiscale Simulation Study of Drug Transport （J. Chem. Inf. Model. 2017 ...

谢谢您！

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