求助：四聚体优化。只优化分子间的相互距离，不优化单个分子。

bobo · 发表于 Post on 2021-2-1 23:46:16

各位老师好：
用G16优化一个四聚体。想保持单个分子的构型，仅仅优化每个分子间的相互位置。请问这种限制性优化如何操作？
提前感谢各位解答

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-2-2 16:32:05

把分子内的所有坐标都冻结住。
示例：
# opt=ModRedundant b3lyp/3-21G

Title Card Required

0 1
O                -1.29697921 -0.12122832 0.00000000
H                -0.33784377 -0.05434728 0.00000000
H                -1.67902905 0.75992273 0.00000000
O                1.18188705 -0.06834508 0.00000000
H                2.13948975 -0.00100574 0.00000000
H                0.79812032 0.81201746 0.00000000

B 1 2 F
B 1 3 F
A 2 1 3 F
B 4 5 F
B 4 6 F
A 5 4 6 F

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-2-2 17:20:45

自己根据具体结构建立相应的内坐标，然后冻结一些，做限制性优化

bobo · 发表于 Post on 2021-2-2 17:35:55

北大-陶豫发表于 2021-2-2 16:32
把分子内的所有坐标都冻结住。
示例：
# opt=ModRedundant b3lyp/3-21G

感谢答复，以前没有接触过 ModRedundant关键词，我来研究一下具体如何操作

bobo · 发表于 Post on 2021-2-2 17:37:12

喵星大佬发表于 2021-2-2 17:20
自己根据具体结构建立相应的内坐标，然后冻结一些，做限制性优化

感谢答复，我其实是想冻结所有的原子，只优化分子的相对位置，不优化分子内原子位置。当我冻结所有原子时它会报错

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-2-2 18:20:12

bobo 发表于 2021-2-2 17:37
感谢答复，我其实是想冻结所有的原子，只优化分子的相对位置，不优化分子内原子位置。当我冻结所有原子时 ...

冻结所有原子还怎么优化。。。。。

自己定义冗余内坐标然后优化

bobo · 发表于 Post on 2021-2-2 18:29:58

喵星大佬发表于 2021-2-2 18:20
冻结所有原子还怎么优化。。。。。

自己定义冗余内坐标然后优化

好的，非常感谢。我从来没有尝试过这个，请问定义冗余内坐标麻烦吗

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-2-2 20:19:19

bobo 发表于 2021-2-2 18:29
好的，非常感谢。我从来没有尝试过这个，请问定义冗余内坐标麻烦吗

如果分子比较大的话，你或许可以先写个单个分子的输入文件给高斯提交运行，然后高斯会自动给你构建内坐标。然后你可以写个脚本，稍微改改它的格式，把这些内坐标全部冻住。

bobo · 发表于 Post on 2021-2-2 21:17:12

北大-陶豫发表于 2021-2-2 20:19
如果分子比较大的话，你或许可以先写个单个分子的输入文件给高斯提交运行，然后高斯会自动给你构建内坐标 ...

好滴，非常感谢，我来尝试一下

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-3 04:54:19

ORCA支持在优化过程中令片段保持刚性，手册里搜ConstrainFragments

bobo · 发表于 Post on 2021-2-3 07:55:02

北大-陶豫发表于 2021-2-2 20:19
如果分子比较大的话，你或许可以先写个单个分子的输入文件给高斯提交运行，然后高斯会自动给你构建内坐标 ...

你好，我尝试了一下二聚体的，因为分子体系比较庞大，每个分子有86 个原子，所以分别冻结了两个原子
末尾行添加如下关键词：
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 F
87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 F
运算之后时报错的：
The following ModRedundant input section has been read:
Unable to guess type of coordinate with centers    1    2    3    4.
Unable to guess type of coordinate with centers    5
Error termination via Lnk1e in /ccc/SOFT/g16/l101.exe at Wed Feb  3 00:50:27 2021.
请问你知道这是由于什么原因吗？

bobo · 发表于 Post on 2021-2-3 08:03:01

sobereva 发表于 2021-2-3 04:54
ORCA支持在优化过程中令片段保持刚性，手册里搜ConstrainFragments

好的，非常感谢。请问只能用ORCA吗，对这个不了解，我们组主要还是用Gaussian比较多。如果用在Gaussian中用opt=ModRedundant，然后对每个单体完全冻结，这样可以优化吗。我尝试了一次二聚体，结果是报错的，不知道是不是我哪里操作有问题还是这个方法本身不可行
The following ModRedundant input section has been read:
Unable to guess type of coordinate with centers    1    2    3    4.
Unable to guess type of coordinate with centers    5
Error termination via Lnk1e in /ccc/SOFT/g16/l101.exe at Wed Feb  3 00:50:27 2021.

snljty · 发表于 Post on 2021-2-3 08:49:21

细节看卢老师博文
《在Gaussian中做限制性优化的方法》
http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html
和Gaussian手册
http://gaussian.com/opt/
options选项卡应该第一个就是ModRedundant

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-2-3 09:55:29

bobo 发表于 2021-2-3 08:03
好的，非常感谢。请问只能用ORCA吗，对这个不了解，我们组主要还是用Gaussian比较多。如果用在Gaussian ...

贴一下输入文件

bobo · 发表于 Post on 2021-2-3 16:04:25

北大-陶豫发表于 2021-2-3 09:55
贴一下输入文件

你好，链接：https://pan.baidu.com/s/1-UySdsYTkzKkQvLnGhPoAQ
提取码：ozld
复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦
这个是我的输入文件，我先用二聚体试了一下。麻烦帮忙看看哪里有问题。非常感谢

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