求助：gmx clustsize得到的团簇结果与是否需要温度校正

一条君 · 发表于 Post on 2021-2-3 15:27:49

本帖最后由一条君于 2021-2-3 16:41 编辑

首先我模拟的是锂盐与有机溶剂体系，分子数330，10ns npt，5ns nvt 对nvt中两种原子进行簇分析，创建了索引组，共60个原子，cut值为rdf第一峰谷0.48nm，命令为gmx clustsize -f pnvt2.xtc -s pnvt2.tpr -n  -mcn -cut 0.48，想请教各位老师
1、比如默认输出的histo-clust.xvg，第二列得到含不同原子数的簇对应的个数，含有很大比例小于1值（31  0.039），a) 这是对多帧取平均出现的结果吗？ b) 结论要用到时怎么描述呢，含有31个原子的簇有0.039个？
5    0.367
6    1.279
7    0.546
2、avclust.xvg得到的是团簇所含的平均原子数吗（还是分子数？如y轴标签）
title "Average cluster size"  @ xaxis  label "Time (ps)"  @ yaxis  label "#molecules"3、clustsize命令应该考虑周期性吧，发现加上nopbc结果差异较大
4、temp.xvg没有输出温度？请问默认lincs约束输出的温度值需要加 -ndf 校正吗，万分感谢！！

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-3 16:42:06

1a 是
1b 每一时刻平均出现0.039个这种簇

2 当前情况应当是原子

3 是否考虑由你决定。默认考虑PBC

4 trr文件里有速度信息时temp.xvg才会给出最大簇的温度

一条君 · 发表于 Post on 2021-2-3 19:30:38

sobereva 发表于 2021-2-3 16:42
1a 是
1b 每一时刻平均出现0.039个这种簇

团簇个数小于1的居多说明该种团簇不是经常出现，不太稳定？那最大团簇数也只有3左右，总觉得太小有问题似的，课上例子就比较大，增大模拟分子数各种团簇数应该会增大吗，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-4 03:12:22

一条君发表于 2021-2-3 19:30
团簇个数小于1的居多说明该种团簇不是经常出现，不太稳定？那最大团簇数也只有3左右，总觉得太小有问题似 ...

是

和具体体系有关，不能一概而论，结合轨迹图形进行分析

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-2-8 14:35:13

5个原子的团簇出现了0.367个，是不是可以理解为5个原子的团簇里面有5×0.367=1.83个原子，然后可以把它当作2个原子的团簇呢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-16 08:32:37

xjp1127721434 发表于 2021-2-8 14:35
5个原子的团簇出现了0.367个，是不是可以理解为5个原子的团簇里面有5×0.367=1.83个原子，然后可以把它当作 ...

不是。这体现的是5个原子团簇出现的概率问题，不能数学地转化成出现更小的原子团簇的概率

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-2-16 14:03:15

sobereva 发表于 2021-2-16 08:32
不是。这体现的是5个原子团簇出现的概率问题，不能数学地转化成出现更小的原子团簇的概率

谢谢sob老师

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