请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第9届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于4月17~20日于北京举办,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加和相互转告!

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 1034|回复: 11

[新手求助] XTB能否模拟化学反应?

[复制链接]

31

帖子

0

威望

141

eV
积分
172

Level 3 能力者

发表于 2021-2-2 21:35:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好!我想请教一下:我能否用xtb来模拟Au-S键的形成?如果我想通过Au-S键将一个烷烃嫁接到金底板上,S端如果带H的话,xtb跑omd的时候,能不能模拟Au-S键形成和H脱离的化学过程?xtb能否模拟化学键的形成和断裂?

2265

帖子

3

威望

8626

eV
积分
10951

Level 6 (一方通行)

Ab Initio Amateur

发表于 2021-2-3 00:00:14 | 显示全部楼层
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程,但具体有多可靠那就得看测试的情况了。
满招损,谦受益。热衷于理论和方法研究水平不高但欢迎讨论。

3万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65571

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2021-2-3 04:52:06 | 显示全部楼层
模拟是可以模拟,但为了证明可靠性,特别是对于牵扯过渡金属的情况,最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT优化的结果、势能面扫描的结果,以增加动力学跑出来的结果的可靠性的说服力
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395(已满),2号:466017436(已满)。3号:764390338(可加),合计8000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

31

帖子

0

威望

141

eV
积分
172

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2021-2-3 10:25:40 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2021-2-3 00:00
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程,但具体有多可靠那就得看测试的情况了。

谢谢解惑,我试一试

31

帖子

0

威望

141

eV
积分
172

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2021-2-3 10:26:04 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-2-3 04:52
模拟是可以模拟,但为了证明可靠性,特别是对于牵扯过渡金属的情况,最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT ...

谢谢sob老师

31

帖子

0

威望

141

eV
积分
172

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2021-2-3 12:17:41 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2021-2-3 00:00
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程,但具体有多可靠那就得看测试的情况了。

您好,我想请教下,tight-binding的框架是指opt的优化级别tight吗?md能设置tight-binding框架吗?

1424

帖子

0

威望

854

eV
积分
2278

Level 5 (御坂)

发表于 2021-2-3 12:49:40 | 显示全部楼层
CYQ@ 发表于 2021-2-3 12:17
您好,我想请教下,tight-binding的框架是指opt的优化级别tight吗?md能设置tight-binding框架吗?

不是,tight-binding是半经验方法的一种,xTB、DFTB等属于tight-binding方法,其他的一些半经验方法比如AM1、PM3、PM6不属于tight-binding方法。tight-binding(紧束缚近似)是一个从凝聚态物理里面来的概念,指的是假设电子都紧紧束缚在原子周围,总电子密度可以近似表示成各个中性原子的密度和,加上一个小的校正,然后对这个校正做微扰处理。和收敛限的tight毫无关系。

评分

参与人数 3eV +11 收起 理由
hdhxx123 + 3 正解
lonemen + 5 牛!
ABetaCarw + 3 老哥的解释真的简单易懂

查看全部评分

31

帖子

0

威望

141

eV
积分
172

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2021-2-3 16:05:12 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2021-2-3 12:49
不是,tight-binding是半经验方法的一种,xTB、DFTB等属于tight-binding方法,其他的一些半经验方法比如A ...

好的,谢谢解惑

114

帖子

0

威望

786

eV
积分
900

Level 4 (黑子)

发表于 2021-2-4 21:54:09 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-2-3 04:52
模拟是可以模拟,但为了证明可靠性,特别是对于牵扯过渡金属的情况,最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT ...

请问社长,动力学是指的是什么样的动力学呢?是量化动力学或者牛顿动力学吗(我知道我用得术语对不对)?

3万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65571

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2021-2-6 03:45:18 | 显示全部楼层
lonemen 发表于 2021-2-4 21:54
请问社长,动力学是指的是什么样的动力学呢?是量化动力学或者牛顿动力学吗(我知道我用得术语对不对)?

LZ说要用xtb跑MD,xtb可以基于GFN-FF力场、GFN-xTB半经验DFT理论做牛顿形式的动力学(AIMD范畴里叫BOMD)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395(已满),2号:466017436(已满)。3号:764390338(可加),合计8000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

114

帖子

0

威望

786

eV
积分
900

Level 4 (黑子)

发表于 2021-2-6 20:01:01 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-2-6 03:45
LZ说要用xtb跑MD,xtb可以基于GFN-FF力场、GFN-xTB半经验DFT理论做牛顿形式的动力学(AIMD范畴里叫BOMD)

好的,谢谢社长专业的解惑!

117

帖子

0

威望

291

eV
积分
408

Level 3 能力者

发表于 2021-3-7 09:07:24 | 显示全部楼层
实践后发现,至少对于镧系水合离子而言,xtb跑omd后找到的能量最低结构5kcal/mol能量差范围内的结构中(配位结构也不同,成键情况也有出入),用DFT优化后,其顺序基本都是不合理的,即最低能量结构并非xtb寻找到的最低能量,DFT计算很有必要
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2021-4-15 07:42 , Processed in 0.258931 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表