使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融化了

非好汉

牧生 发表于 2023-2-11 21:34
用tip4pice水模型，只要温度低于0度，压力即使是1bar，也会结冰的。如果冰化了，考虑自己用的水模型问题
...

大佬，我那个冰水混合物使用的是tip4p/ice水模型，左侧是genice构建的四点冰（含1024个水分子），右边是（gromacs自带的tip4p.gro经删除得到单个四点水）1100个水分子，在260K、1bar条件下进行了能量最小化和10ns的npt模拟，结果融化了，请问是怎么回事？

牧生

非好汉 发表于 2023-4-19 16:27
大佬，我那个冰水混合物使用的是tip4p/ice水模型，左侧是genice构建的四点冰（含1024个水分子），右边是 ...

把你的文件传到网盘，贴上来

非好汉

牧生 发表于 2023-4-19 16:32
把你的文件传到网盘，贴上来

链接：https://pan.baidu.com/s/19SmQI1he0okkxqmeeKrcLw
提取码：bf8f

牧生

非好汉 发表于 2023-4-19 17:29
链接：https://pan.baidu.com/s/19SmQI1he0okkxqmeeKrcLw
提取码：bf8f

我不知道你具体是怎么弄的，但是你建立的模型可能是有问题的，有些原子单独出现了，我重新帮你建立了一个。以现在这个为准，
链接: https://pan.baidu.com/s/1ISh4ZOnUe2Q9JDGLLtHcjw?pwd=mctb 提取码: mctb 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦

非好汉

牧生 发表于 2023-4-19 21:26
我不知道你具体是怎么弄的，但是你建立的模型可能是有问题的，有些原子单独出现了，我重新帮你建立了一个 ...

好的，谢谢大佬，昨天学校停电，没打开电脑，不好意思

uenh1998

牧生 发表于 2023-4-19 21:26
我不知道你具体是怎么弄的，但是你建立的模型可能是有问题的，有些原子单独出现了，我重新帮你建立了一个 ...

大佬，这个你建立的结构文件还有嘛，我想跟我建立的结构对比一下，看看哪里出了问题

牧生

uenh1998 发表于 2023-8-23 20:37
大佬，这个你建立的结构文件还有嘛，我想跟我建立的结构对比一下，看看哪里出了问题

结构已经不在了。
由于整个盒子中只有水这一种分子，所以直接只include TIP4P-ICE即可。液态水加到基本填满盒子，不要太少，当然太多了你也加不进去。。低温下可以迅速结冰的。

uenh1998

牧生 发表于 2023-8-23 21:35
结构已经不在了。
由于整个盒子中只有水这一种分子，所以直接只include TIP4P-ICE即可。液态水加到基本 ...

好，有空我按你说的试试。另外你模拟时候控压是怎么控的。各向同性么