计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13767|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 静电作用能,波利排斥能和轨道相互作用用能的计算

[复制链接 Copy URL]

78

帖子

0

威望

849

eV
积分
927

Level 4 (黑子)

文献中写: “Eelstat   electrostatic interaction energy between the fragments that are calculated with the frozen electron density distribution of A and B in the geometry of the complex AB”
“ EPauli is calculated by enforcing the Kohn-Sham determinant of AB, which results from superimposing fragments A and B, to obey the Pauli principle  by  antisymmetrization  and  renormalization. ” "Eorbital, is calculated in the final step of the ETS analysis when the Kohn-Sham orbitals relax  to  their  optimal  form"
似乎是看懂字面的意思了,但是具体到计算还是一锅浆糊,文献中给出了具体的数值(二茂铁)我想用高斯软件,同样方法和基组重复一下这个计算,试着得到静电能,排斥能和轨道相互作用能的数值,但是究竟如何下手呢?
1. 怎么A和B部分的冻结电子密度?
2. 如何强制A和B遵循电子的反对称和归一化在高斯计算中?


求高手指点!

239

帖子

0

威望

2340

eV
积分
2579

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2015-11-17 20:14:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 brothers 于 2015-11-17 20:26 编辑

Gaussian并不能做能量分解分析(EDA)。可以使用ADF(申请一个30天的试用)或者Gamess(免费)。其他软件用的相对少一些。
完全不必自己一步步计算各部分的能量。与常规的单点计算相比,做能量分解只需额外指定:
(1)能量分解模型(目前有十几种分解方案);
(2)A与B fragments各自所包含的原子数目;
(3)A与B的电荷(原子归属和电荷的设定实际上反映了EDA分析的“随意性”)
然后就可以run了(好久没做了,印象中是不缺啥了)。论坛中有Gamess做能量分解的帖子,都搜出来看一遍,相信你三天之内就能跑成功。
但是对结果的分析仍然要求具有一定的理论基础,需要多看模型和文献。
可以参考Frenking以及苏培峰的文章。google学术一下energy decomposition analysis,最前几篇的引用率都很高,也都有分析案例。下下来仔细看看就对了。
祝你好运。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +4 收起 理由
Reason
哈哈宝 + 2 谢谢
sobereva + 2

查看全部评分 View all ratings

十室之邑,必有忠信如丘焉,不如丘之好学也。

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2015-11-17 20:29:09 | 只看该作者 Only view this author


评分 Rate

参与人数
Participants 3
eV +6 收起 理由
Reason
哈哈宝 + 2 谢谢
sobereva + 2
卡开发发 + 2 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

239

帖子

0

威望

2340

eV
积分
2579

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2015-11-17 20:39:14 | 只看该作者 Only view this author
对了,不要用32位windows版本的Gamess-US,当年用它算出来一片一片的NaN,用了64位的就正常了。
十室之邑,必有忠信如丘焉,不如丘之好学也。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2015-11-18 02:33:49 | 只看该作者 Only view this author
前面已经回复得比较全面了,补充一点Pauli不叫波利而叫泡利
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

849

eV
积分
927

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-18 08:06:03 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢楼上各位的详细指导!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 06:54 , Processed in 0.200209 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list