关于金属Pt的力场构建问题

q_7997 · 发表于 Post on 2021-2-15 12:36:55

请问在构建AMBER力场中的金属铂的力场文件的时候，通过文献https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp801931d定义的参数与AMBER力场转换的参数，但是计算过程中结果不对。请问这个力场的构建是否有问题？

enthalpy · 发表于 Post on 2021-2-15 14:16:16

本帖最后由 enthalpy 于 2021-2-15 14:29 编辑

首先单位不一样。gromacs软件中长度单位为nanometer,而amber软件为Angstrom. 能量单位在gromacs软件中为kJ/mol, 在amber软件为kcal/mol.

还有就是在软件的具体书写形式不同，在AMBER软件中为Rmin/2(一半的长度，如你的截图1)。当然你截图2中的长度是全长的。

q_7997 · 发表于 Post on 2021-2-15 14:30:28

enthalpy 发表于 2021-2-15 14:16
首先单位不一样。gromacs软件中长度单位为nanometer,而amber软件为Angstrom. 能量单位在gromacs软件中为kJ/ ...

好的，谢谢。
我没有注意单位的转换。
问题解决了。
祝：新年快乐！

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