求助：如何确定MD模拟中小分子生理条件下的质子化状态？在哪里查找相关内容？

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-2-19 14:33:35

各位大神，本人在进行MD体系搭建过程中需要确定小分子在生理条件下的质子化状态（带电性），但是查看了一些MD文章里面没有明确说明，请问怎么查找相关内容？十分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-19 14:55:32

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-2-19 15:01:49

管理员您好！我是要确定小分子EGCG和GA的质子化状态，请问这个怎么确定呢？

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-2-19 15:20:30

jiaxing6821 发表于 2021-2-19 15:01
管理员您好！我是要确定小分子EGCG和GA的质子化状态，请问这个怎么确定呢？

ibond数据库里面的pKa查询功能你试试看，很多小分子的数据都能直接找到

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-2-19 16:11:24

ABetaCarw 发表于 2021-2-19 15:20
ibond数据库里面的pKa查询功能你试试看，很多小分子的数据都能直接找到

谢谢您的回答!我刚试了一下搜不出来，不知道是不是我操作不当，您能再详细点介绍一下吗？本人小白一枚，万分感谢！

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-2-19 16:52:42

jiaxing6821 发表于 2021-2-19 16:11
谢谢您的回答!我刚试了一下搜不出来，不知道是不是我操作不当，您能再详细点介绍一下吗？本人小白一枚， ...

你先试试搜索苯酚水这类肯定有数据的分子，这个也搜不出来那就是你的操作有问题了

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-2-20 09:02:01

ABetaCarw 发表于 2021-2-19 16:52
你先试试搜索苯酚水这类肯定有数据的分子，这个也搜不出来那就是你的操作有问题了

我要做的EGCG查不到，Gallic acid查到了，但里面有很多种结构和pka，这个怎么选择呢？谢谢您的解答！

k64_cc · 发表于 Post on 2021-2-20 11:01:59

jiaxing6821 发表于 2021-2-20 09:02
我要做的EGCG查不到，Gallic acid查到了，但里面有很多种结构和pka，这个怎么选择呢？谢谢您的解答！

你知道体系的pH，接下来只要看可能的质子化位点的pKa，和pH对比来决定上还是不上质子。

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-2-20 23:03:56

jiaxing6821 发表于 2021-2-20 09:02
我要做的EGCG查不到，Gallic acid查到了，但里面有很多种结构和pka，这个怎么选择呢？谢谢您的解答！

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-2-21 19:49:54

ABetaCarw 发表于 2021-2-20 23:03

感谢您的解答！

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