公社群聊Q&A整理：2015.11.15 20 ~ 2015.11.17 12

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-18 00:51:47

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-23 10:22 编辑

这几天电脑拿去修了，一导出发现又有好多(⊙﹏⊙)b，形成了一个Gap，慢慢对接。暂时不上传以往全文附件。

做了一点小改进，因为长战线多回合提问越来越多了，于是还是把原来提问堆一起、回答堆一起的形式改成Q-A-Q-A回合制了。看起来似乎好多了。

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

本次附件（附件内容与下文一致）：

2015.11.15 20 ~ 2015.11.17 12.txt (36.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2015.11.15 20:04:58
Q:
大家好，想请教个问题，我不是做分子动力学的。像[Image]原子间的势能随着原子间距离变化的关系图，这种图利用哪种软件可以算出？
A:
@904894299 做个势能面扫描就完了
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2015.11.15 20:04:58
Q:
请问各位大神，这个图形是哪个软件做的？谢谢。[图片]
看着像矢量图。
谢谢薛定谔的兔子。是CYLview做的吧？
A:
@净业 cylview、chemcraft都可以
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2015.11.15 20:05:02
Q:
有没有大神为小弟解释一下pdos和ldos的区别。。。看了很多之后反而越来越晕。。。
谢谢老师@浊流
A:
三维空间中的一个点对DOS的贡献（计算方式可以看multiwfn手册3.12.4节的介绍和4.10.2节的例子）
[图片]
@不取俗名-VASP，G LDOS看具体指代，有时候就是指PDOS，有时候是指三维空间中的一个点对DOS的贡献（计算方式可以看multiwfn手册3.12.4节的介绍和4.10.2节的例子）
[图片]
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2015.11.15 20:05:02
Q:
Molpro装gcc得要一个小时吗
A:
@平凡之路如果你用make -j并行编译，用不了那么长
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2015.11.15 20:05:02
Q:
@Sobereva 之前看到一篇文献，上面有蛋白质的 dielectric constant ，请问哪里可以查到这个值？（我在gaussian官网上没查到这个值）
A:
@sh.w.zhang 这是查不到确切值的，而且整个蛋白里介电常数也不是均匀的，跟基团特征有关。
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2015.11.15 20:05:02
Q:
大家好，想请教个问题，我不是做分子动力学的。像[图片]原子间的势能随着原子间距离变化的关系图，这种图利用哪种软件可以算出？
请问像刚那样的势能变化图用什么软件可以做出来？
A:
@904894299 做个势能面扫描就完了
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2015.11.15 20:05:02
Q:
哪位大神知道oniom计算设定电荷的方法？我在说明书里没有找到
计算离子液体催化CO2的反应
我没有用amber
A:
@那年·时光飞
诸如
C-CA--0.25 0 -1.231354 1.832665 -0.778881 L H-HC-0.1 11
说明这个碳原子是CA类型，电荷为-0.25，处于低层
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2015.11.15 20:05:02
Q:
又问知道，如何查自己服务器的平台类型吗？在安装CPMD软件时需要这个
哪位知道如何查看服务器的类型，如LINUX-I686-INTEL-UBUNTU-MPI-FFTW
sudo apt-get install libatlas-base-dev libatlas3gf-base
[图片]
ubuntu安装软件，可是安装不上，这啥意思
麻烦问下，哪位知道服务器如下配置怎么找：
LINUX-X86_64-INTEL-MPI
LINUX-X86_64-FEDORA-MPI-FFTW
A:
@巴拉巴拉如果在linux下，用dmesg可以看详细信息
windows下用aida64看
现今几乎都是x86_64
+1。极度愚蠢
乖娃娃恶意卖萌(979170845) 2015/11/15 11:27:53
由此可见，增大scf的圈数是多么愚蠢的方式
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2015.11.15 20:05:02
Q:
想问下自由基的电荷和自旋多重读怎么设置
A:
@淡若流萤先看是什么自由基，没前提没法说
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2015.11.15 20:15:10
Q:
我想问Cl自由基,甲基自由基，它们的电荷，自旋多重度
A:
0 2
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2015.11.15 20:18:46
Q:
wfx文件能不能包含非占据轨道信息？
请问saveNBOS后用guess=read读入的轨道是NBO为了保持改变轨道顺序后的轨道还是没有改变轨道顺序的轨道？@Sobereva
A:
@杉演杰方不包含
@杉演杰方重新排序后才存到chk里的，所以读的时候也是读的排序后的
Q:
请问guess=read是不是读入的都是电子占据轨道的信息吗？
A:
chk里并不记录哪些是占据的。
轨道顺序从低往高读，然后才确定哪些是占据的。
Q:
[图片]虚轨道的占据顺序还是不受读入波函数的影响
用alter调整轨道顺序后后保存在chk文件里的波函数在下次读入的时候还是要根据能量来重排？
sob：用guess=read读入波函数的时候，轨道的顺序是不是也是根据轨道的能量来排序的？
A:
按chk里的记录顺序
不是能量顺序
Q:
Total unit 1 22.00000 (100.0000%)
Charge unit 1 0.00000
Sorting of NBOs: 7 8 6 10 11 9 4 2 3 1
Sorting of NBOs: 5 12 13 53 58 60 102 55 82 100
Sorting of NBOs: 99 101 80 86 78 41 23 32 98 50
Sorting of NBOs: 17 54 59 61 52 57 75 73 45 88
Sorting of NBOs: 92 77 85 96 65 84 27 36 71 14
Sorting of NBOs: 81 67 64 34 25 51 18 69 72 63
Sorting of NBOs: 76 44 26 35 74 70 15 66 33 24
Sorting of NBOs: 42 43 16 62 68 91 97 89 93 95
Sorting of NBOs: 46 19 28 37 20 49 22 39 30 31
Sorting of NBOs: 40 29 38 47 48 21 56 90 83 79
sob说这里的轨道是按能量排序的，这里的能量是MOs轨道的能量还是NBO的能量，如果不用POP=SAVENBOS，这里的轨道顺序和分子轨道的顺序是一致的还是有可能不一致呢？？
A:
显然是NBO的能量。
NBO和MO的形状除了内核轨道外完全不一样，根本没法谈论“一致”
Q:
sob老师，看样子还是有很多同学对nbo和mo区分不开，建议老师能专门开一个帖子，针对此类问题解说一下
A:
不需要什么帖子啊，MO是离域的，NBO是1~3中心定域的，光这点就完全不同
仔细讲NBO搜索算法，初学者也听不懂
多看看研究例子自然就明白了
这里一大把NBO资料http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
Q:
[图片]这种系数很大的是不是只能是rydberg 轨道
A:
跟系数没关系。
看图形判断
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2015.11.15 20:19:41
Q:
我用小方法算出的构型正确，可是一旦改成精确点的方法构型就改变，老师让我读小方法的chk文件，可是读chk的时候怎么做BSSE基组矫正啊
A:
构型优化不用管BSSE
Q:
可是我最后需要看能量啊
A:
优化时候不用BSSE，算单点时候有必要再考虑BSSE
根本不矛盾啊
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2015.11.15 20:25:45
Q:
各位老师，请问什么软件可以绘制[图片]这种标出键长键角的球棍模型，还是必须自己手动绘制
A:
这明显是自己ps的
chemcraft之类可以标，但不可能同时标出两个而且字体不同
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2015.11.15 21:23:03
Q:
[图片] 老师，我们做出来的这个表面确切的说应该是potential energy surface？@Sobereva
A:
RDG isosurface@天堂鸟
PES跟这个毛关系也没有
Q:
哦，我看杨伟涛的文章上称呼这个为NCI isosurface ，这两个应该是一样的，对伐？@Sobereva
A:
对
sign(lambda2)rho mapped RDG isosurface更具体一些
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2015.11.15 21:46:02
Q:
[图片]@Sobereva 老师,CISDTQ是不是一般写作QCISDT?
A:
不是一码事
Q:
@Sobereva 老师，那这两种写法有什么区别呢？
A:
前者是CI是configuration interaction这一类，后者是QCI是(Quadratic configuration interaction，二次组态相互作用)这一类。
QCI一般只用QCISD和QCISD(T)，分别和CCSD、CCSD(T)的耗时和结果差不多，但耦合簇更稳健，所以QCI如今比耦合簇用得少多了。
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2015.11.15 23:02:10
Q:
[图片]这里的编号是对应的NBO分析前的编号吗[图片]
A:
@杉演杰方编号问题这里有说明
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2015.11.16 09:01:54
Q:
sob老师，请问做TDDFT计算为体系选择合适的泛函的时候，是比较第一激发态的激发能与实验上得到的紫外光谱的最大吸收峰么？
A:
可以这么比，尽管原理上不是绝对严格
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2015.11.16 09:05:29
Q:
还有人提出用TDDFT得到的HOMO-LUMO gap 与实验上得到的光学能隙比，这种方法可取么？
A:
否
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2015.11.16 09:14:41
Q:
各位老师　同学　请教一个初级的问题ｍｕｌｔｉｗｆｎ可以间接读取ｖａｓｐ的计算结果吗？　 Molden2aim 可以把ｖａｓｐ的计算结果转化成.ｗｆｎ吗？
A:
否
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2015.11.16 09:28:52
Q:
sob老师，请问用Multiwfn做分子电子密度图，用Gaussian计算时基组是不是不可以加弥散函数？
A:
可以加
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2015.11.16 09:33:59
Q:
各位老师，请教一个溶剂化的问题，我查看了13年到现在的聊天记录没有找到我需用的答案，只能麻烦老师了。在一个过渡金属催化的反应中，丙烯醇即是反应物，又是溶剂，是否有必要在溶剂下对结构进行优化，我的输入是opt=(TS CALCFC NOEIGEN),freq,b3lyp/gen,pseudo=read,SCRF=(SMD,solvent=2-Propen-1-ol) POP=NBO，这样是否合理
A:
直接参与反应的丙烯醇直接在计算模型中体现，作为溶剂环境的丙烯醇用隐式溶剂模型表现
Q:
哦，谢谢老师，隐形溶剂模型就是算单点吗
这样输入合适不M06/genecp SCRF=(SMD,solvent=2-Propen-1-ol,dovacuum externalIteration)
A:
不合适，用什么外迭代
优化时带着隐式溶剂模型没事，耗时多不了多少
Q:
那怎么输入呢，SOB老师
A:
想算什么问题啊
优化还是干嘛
Q:
优化
A:
b3lyp/genecp opt SCRF(SMD,solvent=2-Propen-1-ol)
Q:
恩，好的，如果是在气相下优化得到结构后再用SMD做单点，该如何输入，您刚说不用外迭代
A:
b3lyp/genecp SCRF(SMD,solvent=2-Propen-1-ol)
很多人乱用外迭代，都没弄清楚这是什么含义，白费了时间
Q:
哦，谢谢老师
那得到数据后，是不是把结果中的 DeltaG (solv) 加到气相下的G值上就可以
A:
结果中直接没这项
带scrf和不带时的单点求差值才是这项
加上就是溶剂中的自由能
Q:
是的
我说的就是单点
就是气相G+DeltaG (solv)=单点后G,是吧
A:
显然不是
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2015.11.16 09:51:58
Q:
我也有相同的问题我觉得是G加上Gsol-Ggas
A:
已经回答过了
Q:
sob老师，在计算吉布斯自由能时，分别对ZPE和温度对焓的影响进行频率校正，得到H(T)，再用G=H-TS 公式求G S是[Image]得到的，这样对么？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.11.16 09:51:58
Q:
这是我做单点的结果，老师该用那一项处理呢，我一直没搞明白
A:
已经回答过了
Q:
带scrf和不带时的单点求差值才是这项
加上就是溶剂中的自由能
在基组选择中，我看以前的讨论说，用6-31G*比较好，用高基组比如6-311G**对结果反而不理想，是这样吗
A:
仅是对SMD模型计算溶解自由能而言
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2015.11.16 10:11:12
Q:
@Sobereva 老师，scf=qc和opt=calcall之间在scf迭代上有什么不同？
A:
calcall是帮助几何优化不收敛的，不是解决SCF迭代不收敛的
calcall对SCF毫无影响
Q:
之前在优化几何的时候，总是震荡，opt=calcall尝试发现太耗时，而scf=qc居然也解决了震荡
A:
巧合罢了
Q:
scf=qc说明书里说的是用二次方法进行迭代，没明白是什么意思
A:
就是牛顿法来寻找SCF的参数空间的极小点的方法
Q:
[Emoticon]了解了，一个是关于迭代的牛顿法，一个关于几何优化的牛顿法
A:
几何优化用牛顿法是优化几何变量到达PES极小点，SCF用牛顿法是优化基函数的组合系数来达到参数空间的极小点使得电子能量最小化
----------------------------------------------------
2015.11.16 10:21:36
Q:
老师你好，请问一个双分子体系的优化(opt+freq)，我加counterpoise=2片段化，使一个分子带一负电荷(多重度为2)，另一为过渡金属原子(考虑多重度为6)，这时总体系的多重度应该怎么设呢？
A:
优化时甭用counterpoise
Q:
为什么呀？
A:
[Image]
----------------------------------------------------
2015.11.16 10:28:41
Q:
老师，我优化好，再算个单点能加上BSSE，那算出来的[Image]，我直接读Corrected energy就行了吧
是矫正好的能量吗
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.16 10:33:20
Q:
[Image]
平衡了吗？不用再跑了吧。
横坐标是帧。。。
A:
基本平衡了
Q:
OK
0.002ps*250
不是
在5000帧的时候算不算平衡了呢？
A:
基本算
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2015.11.16 10:37:50
Q:
大神@Sobereva，带有电荷的小分子怎么用antechamber生成参数
A:
该怎么生成还怎么生成，-nc可以设定体系的净电荷
Q:
我以为antechamber模块只用于生成中性分子，带有电荷的需要处理一下呢
@Sobereva 教程里有一项-bk，我觉得是教程里的书写错误，但是我找不到正确的应该是什么？能帮帮我吗？纠结这个好几天了
手册我也查过了，所有能替换的项我都尝试了，还是不行
不知道这个跟amber的版本有没有关系额
A:
到amber mailing list问
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2015.11.16 10:41:44
Q:
Sob老师，如果体系中用到了赝势大基组，用前线分子轨道理论分析亲核反应位点，用Mulliken分析或自然原子轨道方法哪一种更好一点呢？
A:
Hirshfeld方法计算轨道成份
Q:
如果位点确定，测取代基对活性位点的影响也是用Hirshfeld方法吗？
A:
@风口路太弯看你具体考察什么
Q:
想测试亲核反应中的活性位点，以及空间效应和取代基效应对亲核反应位点的影响
A:
考察影响要看具体考察什么量
hirshfeld只是一种空间划分方法
Q:
我想LUMO的轨道成分可以说明这些问题~
吧？
A:
可
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2015.11.16 10:52:04
Q:
因为是包含过渡金属催化剂的大体系，用到了ONIOM方法，如果用Hirshfeld，和Mulliken方法差别大吗？
A:
Hirshfeld能用的地方几乎总比Mulliken强
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2015.11.16 11:00:55
Q:
老师您好根据您的提示我用oniom计算，进行电子嵌入时，首先先对L层进行chelpg计算电荷，由于以前只是用NBO计算电荷，没有用过CHELPG，老师您能不能帮我看看我的输入文件是否正确？
[图片]
A:
y
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2015.11.16 11:08:31
Q:
@Sobereva Sob老师，既然色散作用对结构优化的影响比较大，那是不是用高斯在opt时加DFT-D3算要比单独用Grimme DFT-D那个程序（基于一个确定了的几何结构）算要好？
A:
字号小点，群规里也说了
@蝶恋花对
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2015.11.16 11:17:35
Q:
我能问大家几个关于pdb文件的问题吗？
在pdb文件里hetam与anisou是代表什么呀?
pdb数据库
A:
@汪蒙网上搜Protein Data Bank Contents Guide，里面对每个字段都有介绍
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2015.11.16 21:29:04
Q:
sob老师好，我把C+和C-cube文件保存到当前文件夹后，怎么用gview看电子密度增加和减少的区域？@Sobereva [图片]
A:
@烟雨 gv打开cube文件，results-surface
Q:
这个我试过了，出现了错误提示[图片]
A:
isovalue设得不合理
用Multiwfn里显示C+、C-等值面时候默认的值
----------------------------------------------------
2015.11.16 21:29:04
Q:
请教下Multiwfn中输出结果：为啥Rydberg composition占了这么多？这样的话，结果还准确吗？
[图片]
而且随着空轨道能量的增多，Rydberg这个值好像也在增大
A:
@壁虎所以NAO方法不适合分析空轨道，尤其是高阶的
----------------------------------------------------
2015.11.16 21:29:04
Q:
请问各位大神，怎样用高斯算振动圆二色谱（VCD）？关键词应该用那些？
还有一个问题，我看了文献发现，做VCD必须先要进行构象搜索，您们有没有进行构象搜索的软件了？
A:
@青春无悔使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
柔性分子才需要做构象搜索
Q:
@Sobereva老师如果我做的体系是柔性的请问有什么软件可以进行构象搜索了？
A:
molclus、hyperchem、spartran、MS的conformer等等
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2015.11.16 21:30:51
Q:
请问在输入文件中SDD和D95的基组应该怎么写，我用的是混合基组，直接这样写的，但是交上去以后提示D95不存在，在输入文件中这俩基组应该怎么写呢？
A:
@晴字步，不要用D95这么弱的基组
----------------------------------------------------
2015.11.16 21:30:51
Q:
[图片]我在一个数据库里找到了一个我要的结构，分子式是H5NO3，但打开以后结果多了一个H 是数据库里的那个结构错了吗
A:
@玛塔可能是gv自动加氢了
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2015.11.16 21:30:51
Q:
sob老师您好，您“使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布”一文中说“Fukui函数可以结合VMD绘制成填色图”，那这里指的是把Fukui函数投影或被投影到哪种实函数上呢，电子密度还是静电势？@Sobereva
A:
@likeu 显然是投影到电子密度等值面上
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2015.11.16 21:31:51
A:
@放射 NWChem 6.5编译方法
http://sobereva.com/270
Q:
sob老师博客中写道
“编译环境：RHEL6U1-64bit, root, bash。安装到/sob/Nwchem-6.5。”
请问，这个root，是指安装NwChem一定要在root用户么
A:
@放射否
Q:
@Sobereva 谢谢sob老师
请问咱们群里有人成功安装过NwChem程序么，我安了好久都没成功，linux没基础，不敢麻烦sob老师了，恳请有经验的朋友帮助。可有偿，请私聊。
A:
用文中的操作系统和编译器版本编译绝对直接能通过
Q:
@Sobereva sob老师，我已经一步步按照您的教程执行了，真的出错，我没有linux基础，自己不能判断问题在哪。这种问题可能成手都不削一顾的，所以想有偿求助一下，能学会安装这个很值得的。
A:
@放射哪出错啊
Q:
configure: error: could not compile simple C MPI program
See `config.log' for more details
make[1]: *** [build/config.status] Error 1
make: *** [libraries] Error 1
是这样的错误
我确实已经按照sob老师的博客一步一步安的openmpi nwchem6.5 但是因为没有linux基础所以都不知道错在哪
A:
是root么？
直接敲mpirun有什么提示？
Q:
不是root
直接 mpirun 显示
A:
仔细严格按照文中的一切条件先编译一遍
要不然琐杂的碎事根本没法说清楚
如果没root，系统不是RHEL6U1就装个虚拟机练习编译一遍
又没linux基础，系统环境又不一样，远程解释清楚可费劲了
----------------------------------------------------
2015.11.16 21:41:09
Q:
sob老师，我刚接触dalton,对这个软件了解不是太多，但是看了一些介绍觉得这个软件有很多功能都很强大，特别是我最近看的一篇理论研究文献中用dalton做的磷光速率的计算和实验数据符合的很好，而且还能模拟出单三态之间跃迁的振子强度。但是我在网上搜的时候发现做dalton的特别少，这是为什么呢？
A:
门槛高，教程寥寥
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2015.11.16 21:47:01
Q:
Sob老师，看看我这个问题：
请问下，如果基于T1 (0 3计算得到)的构型去计算S1-opt，其中电荷与多重度写成了0 1，问题大不大？实际上应该写的0 3,但基态是开壳层波函数，会使得电子跃迁存在比如 15A→16B 的跃迁，要根据<S**2>判断激发态，这样不是要尝试多次才可能找到S1-opt ?
A:
@赵云跳槽基态是单重态，你就先用0 3优化找到T1结构，然后在此结构下用0 1结合TD(root=1) opt就完了
----------------------------------------------------
2015.11.16 21:48:17
Q:
sob老师，高斯取二面角，两个苯环没有相连怎么取
A:
@793 计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302
----------------------------------------------------
2015.11.16 22:08:24
Q:
@Sobereva 老师那个用高斯打开后自己加了氢我能不能直接把那个氢删掉作为我要的结构
A:
@玛塔可
----------------------------------------------------
2015.11.16 22:09:38
Q:
@Elaine 老师 [图片]这个错误我该怎么办
A:
初始结构不合理或者力场有问题。如果结构、力场确认是合理的，减小步长
如果没做最小化先做最小化
----------------------------------------------------
2015.11.16 22:11:33
Q:
amber加水盒子，如何限定水盒子的大小？我的都是自动生成的水盒子的大小，但是我想控制一下，不知道该怎么办？
氢大神们指导啊
A:
@汪蒙 solvatebox可以直接控制边缘原子与盒子边界的距离
----------------------------------------------------
2015.11.16 22:17:45
Q:
老师：请问NMR计算的核磁和实验数值相比，一般在误差允许在多少范围呢？
A:
@风飞得看是什么元素，诸如H1的明显小于C13的
Q:
@Sobereva老师：您的意思是？就相同的元素来说，比如：1H
@Sobereva 老师：您的意思是？就相同的元素来说，比如：理论计算的1H，13C分别和实验值的差多大合适呢？
首先谢谢@薛定谔的兔子的提醒，其次 @Sobereva老师：请原谅我的表述不清：如果是比较化学位移，耦合常数。
A:
@风飞 <0.5，<5
Q:
@Sobereva ：老师您是说化学位移<0.5%，耦合常数<5%.是吗？还是说1H的所有NMR数据小于<0.5%，13C的所有NMR数据<5%.../难过
A:
ppm
Q:
@Sobereva 也就是说：1H的化学位移误差小于0.5，13C的化学位移误差<5%. 那么请问耦合常数的呢？
A:
误差小于0.5ppm，小于5ppm
Q:
@Sobereva 也就是说：1H的化学位移误差小于0.5ppm，13C的化学位移误差<5ppm. 那么请问耦合常数的呢？
算核磁，需要考虑氘代溶剂不？
A:
不用
理论计算的时候，本身就没有溶剂的NMR峰，考虑溶剂时一般都是隐式溶剂模型当成反应场对待的，所以不用管那个
Q:
量化算出来应该是单分子行为，是不是应该接近稀溶液的谱。
A:
@LiYuanhe 对
----------------------------------------------------
2015.11.16 22:56:13
Q:
[图片]请问这里的排序是不是按轨道能量从低到高排列的？
A:
@杉演杰方是
----------------------------------------------------
2015.11.16 23:52:42
Q:
今天看到了一个输出结果，给了一个第一激发态到第一激发态的跃迁偶极矩，这个怎么理解？？
是不是对应的也有S0到S0的跃迁偶极矩就等于基态偶极矩？？？？
A:
前后两个态相同就等于那个态的偶极矩
Q:
哦，这样啊
老师，那两个态之间的偶极矩的差，应该是这两个态偶极矩的矢量相减？
A:
对
Q:
偶极矩差的模，用分量平方和再开方，不能用两个偶极矩模的差值，对吧？？
现在理解的都对，重复文献数据重复不上，明天再核对一下吧。
谢谢老师！！
A:
这是怎么考察的问题
考察偶极矩大小之差，是后者；如果把偶极矩方向也考虑进去，是前者。
设两个态偶极矩分别为
0,0,5
0,0,-5
你琢磨一下两种做法差异就明白了
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2015.11.17 08:13:42
Q:
请问用什么软件来做高对称性的分子结构，比如做C3对称性的喹啉铝？看了清华出的G98W使用入门，不太明白他的限制对称性是如何操作的，有清楚的请指点一下，不胜感激。
A:
gv里先对称化成C3然后高斯直接算就完了
Q:
sob老师，可能是我的粗一些，也成C3了，但高斯运算，轨道对称有？号
sob老师，轨道对称性有？号，是我的对称还不够吗？还是有什么问题？
麻烦你指点一下，谢谢
A:
有时是高斯自己的问题判断不对，通过轨道图形自行判断。有时候DFT计算由于积分格点精度不够高也导致判断不出来。
也有时候是因为波函数发生了对称破缺导致没能判断
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2015.11.17 08:15:13
Q:
@Sobereva 老师，我试着调整原子的序号，为了做NLMO，已经试了5/6种排布了，仍旧是Highest occupied NBOs are not at the beginning of the NBO list，那么这种原子数多的体系，是否有什么窍门来调整原子序数呢？
A:
用NBO5或6
Q:
好的，谢谢老师
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2015.11.17 08:20:32
Q:
sob 有研究SAPT吗？做弱相互作用的
A:
有问题直接问
不会回答试探性的问题的
Q:
基组大约多大合适，计算结果和哪个级别的方法相当
A:
基组和平时做相互作用能计算一样
精度看具体用SAPT的哪种，如同普通微扰理论一样也分不同级别，越高级耗时越多也越精确
Q:
SAPT可以把弱相互作用划分成几个不同的能量表示，NBO以及你们的程序也可以做类似的讨论。你觉得这些方法得到的结果具有可比性吗？或者你更推荐哪个方法
A:
NBO根本做不了那种事
除非你是指NEDA，那个很少有人用
Q:
我是说NEDA[表情]
A:
主流的就两种，SAPT和morokuma一类的EDA，现在最流行的就是LMOEDA
如果色散作用很重要，SAPT更适合，其它情况可以用EDA
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2015.11.17 08:40:13
Q:
请问一下大家现在搜文献一般用那个网址呢？求链接，谢谢
A:
google学术
Q:
好吧，那可能是网速的原因，我尽然打不开，嘿嘿
A:
[图片]
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2015.11.17 08:42:30
Q:
[图片]
蛋白NVT无约束跑了6ns了，这是不是要散架的样子？
A:
[Image]
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2015.11.17 08:49:53
Q:
做AIM有键鞍点，但是两个原子之间的连接线没有，请问这该怎么办啊[图片]
H和S
奥
没
这个可以设置吗
A:
什么原子？
那叫键临界点，不叫键鞍点
S用赝势没有？
用Multiwfn做拓扑分析
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2015.11.17 08:52:44
Q:
sob，请问，multiwfn能用log直接看uv和ecd，能导出来数据吗？
能直接把波长数据都导出来是吗？
A:
只要是CIS/TDDFT/ZINDO任务产生的log就行
对
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2015.11.17 08:56:31
Q:
[图片]
这个要怎么输啊
我是输入进去了但是没有拓扑分析选项
[图片]
没有2选项
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
输进去不就完了
改什么路径就输什么路径
该什么路径就输什么路径
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
程序一启动的时候都明确提示了怎么输入，要做什么，例子都在屏幕上给了
不可能没有
博文里都说了接下来输入什么
屏幕上主功能2后面也赫然写着拓扑分析
版本太老！
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2015.11.17 08:59:41
Q:
老师如果LMO的图形显示是这样的[图片]是不是说明这三个原子形成了3c-2e键呢？
A:
不是
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2015.11.17 09:20:25
Q:
sob姐，Hirshfeld and Becke method和SCPA方法什么关系呢？
A:
不同的原子空间划分方法
前两个接近，都是实空间划分，但权重函数定义不同。SCPA则是基于基函数划分。
见
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2015.11.17 09:20:57
Q:
老师，如果高斯优化时，意外停止了，还能接着优化吗？
A:
最简单就是拿最后一步的结构重新写个输入文件继续优化
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2015.11.17 09:21:47
Q:
那Multiwfn种如果用SCPA分析，应该选哪个？
想算空轨道的成分分析
fchk文件
？
我在看。。但是发现貌似对空轨道分析应该用SCPA，但是Multifwn中有Hirshfeld and Becke method，方法又不同。所以比较迷惑
原子轨道的贡献
是的。那么如何在Multifwn中分析分子的空轨道中原子轨道的贡献？
。。我看手册4.8节中没有SCPA[图片]
A:
算轨道成份还是做布居分析？
8
3
屏幕上都有提示，仔细一看自然就明白了
手册4.8节一堆例子
仔细follow一遍
博文里也有例子
你要分析原子贡献还是基函数或原子轨道的贡献？
那两个只能分析原子的贡献，这在博文里、群共享里《分子轨道成份的计算》都说得很明确了
用SCPA啊
这是实例啊，不是全面的功能介绍啊，功能介绍在手册第三章啊
实例不可能把所有功能全都演示一遍啊，Multiwfn功能太多了啊
举一反三啊
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2015.11.17 09:46:41
Q:
请教sob老师，在使用molclus软件进行分子团簇构型搜索时，我看用了退火设置，那如何保证搜索到的构型是某一个温度左右存在的构型（如常温20度时，分子团簇存在的稳定构型是什么）？
molclus软件是什么软件啊？
谢谢SOB老师
哦哦，可是我用molclus软件对三个乙醇分子的构型进行了搜索，发现搜索到的构型中乙醇分子的羟基都发生了变化，而在我文献中查了一些，发现有不发生变化的构型存在，这是不是因为我在搜索时某些条件的设置出现的问题？
SOB
这个软件可否用来搜索原子数目大于100的纳米粒子？
恩，我看有些结构是可以的，但是总觉得没有把所有的结构给找全，是不是设置的条件给束缚了
是一个搜索结构的软件吗？
A:
没法保证这点
程序只会最终搜索出一批极小点结构而已。
你可以之后对每个结构算自由能，然后根据波尔兹曼分布看看20K的时候其出现几率还有多大
使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
本身那种程度的变化就是合理的。
既可能是碰巧初始结构没有跑出来能收敛到你说的那个结构的结构，也可能你用的理论方法在你说的那个结构下本身就没有极小点。
不在于molclus程序，这只是起到个接口和筛选的用途，关键在于你量化能否算得动
能量化优化得动，而且你也有合适的程序和力场跑这种体系的动力学来产生一批初猜就能用
如果你的体系的原子间作用用力场能基本合理描述，梦藏秋的ABCluster会更适合一些。
动力学多跑一些帧出来作为初猜
是，他就在群里你
是，他就在群里，你可以直接找他
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2015.11.17 09:58:50
Q:
sob姐，我用Multiwfn中SCPA分析成分，为啥仍然有负值？是基组的问题？[图片]
8 -1 all q 2 后面就是轨道序号了
A:
@壁虎命令是怎么输入的？
2是stout-politzer，屏幕上显示得很清楚
而且你用-a all q这一步完全是多余的
原理上不可能有负值
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2015.11.17 12:05:53
Q:
@Sobereva 老师，计算分子的静电势该用什么样的关键词呢？能否用同样的关键词计算周期性的体系的静电势呢？
A:
@乖娃娃恶意卖萌看你以什么方式考察静电势
周期性没法弄
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2015.11.17 12:05:53
Q:
[图片]这部分代表什么意思呢
这个是赝势基组
A:
@二哥的主场都写着
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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hcxytpp@163.com · 发表于 Post on 2015-11-18 09:07:13

辛苦了！！！！

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