使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件

wudiazhu · 发表于 Post on 2022-7-21 16:29:03

今天发现用Multiwfn生成cp2k的输入文件时把我结构文件里的Pb原子识别成了P原子，但我的Cl原子是正常的没有识别成C原子，所以我在想可能是个小bug，我用的Multiwfn 3.8 win版，任务是跑动力学。另外，初学cp2k，想问几个小问题：
1. 用cp2k跑AIMD是否需要保证体系为电中性？
2. AIMD怎么对重原子用赝势基组，对非重原子用全电子基组？我在Multiwfn设置基组那里选了DZVP-MOLOPT-SR-GTH，全部设置完跑任务出现报错说“The requested basis set <CFIT3> for element <PB> was not found in the basis set files <BASIS_MOLOPT><BASIS_ADMM>”，但我看cp2k-9.1/data/BASIS_MOLOPT里面是有Pb元素的赝势定义的，不知道我哪里出了问题？
3. 我没太搞懂cp2k输入文件里的基组定义部分为什么每个元素有2个BASIS SET？其中的一个BASIS SET能否删去？POTENTIAL行是指什么？
问的可能有点基础，先谢谢各位老师了！

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-21 18:11:52

wudiazhu 发表于 2022-7-21 16:29
今天发现用Multiwfn生成cp2k的输入文件时把我结构文件里的Pb原子识别成了P原子，但我的Cl原子是正常的没有 ...

Multiwfn 3.8没发布过

没有你的输入文件没法判断元素判断错的原因，8成是你的输入文件本身就有问题，诸如用的pdb格式但是元素的列错位之类

1 看你是否考虑周期性

2 没必要这么混合使用。非常奇怪

3 一个是轨道基组，一个是辅助基组，两码事

wudiazhu · 发表于 Post on 2022-7-22 00:02:50

sobereva 发表于 2022-7-21 18:11
Multiwfn 3.8没发布过

没有你的输入文件没法判断元素判断错的原因，8成是你的输入文件本身就有问题， ...

感谢老师回答，抱歉是我搞错了，版本应该是Multiwfn 3.8_dev，显示成P的问题我再研究研究。
1. 了解了，考虑周期性因为体系会无限复制，所以必须电中性，孤立体系则可以不是电中性。
2. 不知道老师您的意思是不是都用全电子基组就好了？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-22 20:12:02

wudiazhu 发表于 2022-7-22 00:02
感谢老师回答，抱歉是我搞错了，版本应该是Multiwfn 3.8_dev，显示成P的问题我再研究研究。
1. 了解了， ...

要么全用赝势基组，要么全用全电子基组，CP2K中对同一个计算必须统一

wudiazhu · 发表于 Post on 2022-7-22 23:41:46

sobereva 发表于 2022-7-22 20:12
要么全用赝势基组，要么全用全电子基组，CP2K中对同一个计算必须统一

了解了，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-6 06:43:06

今日更新的Multiwfn的产生CP2K输入文件的支持的任务列表里增加了路径积分分子动力学（PIMD）的选项

gog · 发表于 Post on 2022-8-6 07:27:02

sobereva 发表于 2021-3-5 02:59
下次更新时会改成1.01325（即1 atm，常压）

分子动力学，运行结果，都是常压和常温300K？
vasp中，通常没有设置为常压这一项。

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-6 09:01:15

gog 发表于 2022-8-6 07:27
分子动力学，运行结果，都是常压和常温300K？
vasp中，通常没有设置为常压这一项。

压力和温度实际想用多少就设多少，CP2K的MD支持热浴和压浴

gog · 发表于 Post on 2022-8-6 16:44:50

本帖最后由 gog 于 2022-8-6 16:56 编辑

sobereva 发表于 2022-8-6 09:01
压力和温度实际想用多少就设多少，CP2K的MD支持热浴和压浴

Multiwfn生成的脚本，
cvsr类型md，倒是没看到压力选项。NosHover才有压力选项。
常压稳定，0压力的时候，还会稳定不呢?

或者 cvsr，timecon设置300到300K，18000步，这样的轨迹，可以说材料稳定不？总能变化很小，10E-5到10E-7范围内。

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-7 04:45:07

gog 发表于 2022-8-6 16:44
Multiwfn生成的脚本，
cvsr类型md，倒是没看到压力选项。NosHover才有压力选项。
常压稳定，0压力的时候 ...

在Multiwfn的CP2K输入文件生成界面里，任务类型选MD，然后再选12 Set barostat，才开启压浴。默认不用压浴
对凝聚相体系，压力为0还是1atm基本没有可查觉的差异，因为凝聚相体系可压缩系数相当小

材料的稳定性没法简单来说，得结合具体体系和问题

至于MD是否达到了稳定，参考
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

gog · 发表于 Post on 2022-8-7 17:28:16

sobereva 发表于 2022-8-7 04:45
在Multiwfn的CP2K输入文件生成界面里，任务类型选MD，然后再选12 Set barostat，才开启压浴。默认不用压 ...

懵懵懂懂的。我认真看看。
谢谢您，卢天老师。

牧生 · 发表于 Post on 2023-3-12 09:51:19

一直有个疑问，即使我懵懵懂懂的参加了培训，仍有一些不太清楚的地方，需要请教一下。
使用Multiwfn生成cp2k的输入文件时，选项太多，各个理论方法和基组，或者它们的组合，适用的场景是怎么样的呢？比如有机小分子，选择这样的组合

1 Choose theoretical method, current: B3LYP
2 Choose basis set and pseudopotential, current: Ahlrichs-def2-TZVP
3 Set dispersion correction, current: DFT-D3(BJ)

感觉也很稀松平常，是不是有更好的选择呢？

而在http://sobereva.com/490文中，对orca使用的级别就介绍的非常清楚，反复看几遍就能恰当的选择自己平时所需的级别了。但现在用cp2k时，对方法的选择就有点无从下手，即使看了讲义，也并没有完全消化掉。。遇到和讲义上相似的体系，还可以抄抄作业，遇到不相似的，就有点不太会了。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-12 10:13:02

牧生发表于 2023-3-12 09:51
一直有个疑问，即使我懵懵懂懂的参加了培训，仍有一些不太清楚的地方，需要请教一下。
使用Multiwfn生成cp ...

课上说了，在CP2K里杂化泛函比纯泛函贵很多，所以纯泛函适合的情况下优先用纯泛函
基组用什么取决于具体目的。
课上举了各种体系的计算例子，虽然例子里用的级别不是唯一选择，但至少是合适的选择。
泛函不知道用什么就默认用PBE，也可以看他人的类似体系的研究文章看用的是什么。很多专门的问题的泛函选择问题在培训里“第一性原理计算的理论基础”部分都讲过。如果用全电子基组，选择方式和量化培训里说的一样，如果用CP2K的GTH赝势基组，CP2K培训班里“CP2K的基础知识”里讲基组的时候说过档次。

lx506173258 · 发表于 Post on 2023-11-2 08:25:16

感谢sobereva老师团队开发这么好用的工具，为我们小白带来了无限曙光！

lx506173258 · 发表于 Post on 2023-11-2 08:29:49

ghifi37 发表于 2021-2-23 00:11
太好了，希望能代替好久没更新的pycp2k！

Multiwfn确实好用！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] 使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件