求助：md后的构型能否进行能量分解？

lining · 发表于 Post on 2021-3-1 19:53:56

本帖最后由 lining 于 2021-3-1 20:06 编辑

老师您好，最近在阅读使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析（http://sobereva.com/442）这篇博文，有以下几个疑问：
1. 在gromos54a7力场下进行md后得到了构型，该构型能否进行能量分解啊？
2. 如果可以能量分解的话，是不是需要重新计算MK电荷啊？因为gromos力场的电荷不是拟合静电势电荷？
3. 如果必须使用拟合静电势电荷进行能量分解计算，那会带来一个问题，能量分解的电荷和md计算的电荷不对应，这样得到的能量分解结果能进行定性分析么？
麻烦老师您有空给解答一下~

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-2 01:34:19

1 不能，Multiwfn的EDA-FF功能不支持GROMOS力场。如果你是用的GROMACS，通过定义能量组，然后从edr当中提取片段作用能倒是可以，但是没法把范德华作用拆分成互斥和色散部分

3 不需要和MD用的原子电荷一致。如果你用amber力场结合RESP电荷，那就不需要再重新额外算原子电荷了。

lining · 发表于 Post on 2021-3-2 08:38:23

sobereva 发表于 2021-3-2 01:34
1 不能，Multiwfn的EDA-FF功能不支持GROMOS力场。如果你是用的GROMACS，通过定义能量组，然后从edr当中提取 ...

感谢sob老师的回复~

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