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[GROMACS] GROMACS GPU加速求助

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娃娃儿鱼

老师们好,想跑Gromacs的CUDA GPU加速,机子的显卡是Quadro M5000M,原来用的Hyper-V是看网上说没法用N卡CUDA加速,所以想咨询一下:1.该显卡条件下,对比Sob老师编译的WIN版2020.3 CUDA GPU 加速版GROMACS,考虑虚拟机对显卡驱动的影响,是否有必要在Linux下跑GROMACS?
2.如果有必要,当前Win10专业版的系统想要在Linux(最好是Centos8)里跑CUDA加速的话用什么虚拟机比较好?


提前感谢大佬们的帮助!
附上显卡GPU-Z图片和系统版本。

显卡+系统版本.zip

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真·探

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发表于 Post on 2021-3-2 20:12:40 | 只看该作者 Only view this author
不要把图片用bmp压缩成文件包上传,别人还得再下载。用jpg或者png格式直接贴就完了

目前的常用的虚拟机不支持客户机里GPU加速,考虑虚拟机里GPU加速跑gmx也根本没意义。要么直接用我预编译的GPU加速的GROMACS windows版,要么用实体linux,由于计算量主要在GPU上,速度不会相差太多。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-2 20:26:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-2 20:12
不要把图片用bmp压缩成文件包上传,别人还得再下载。用jpg或者png格式直接贴就完了

目前的常用的虚拟机 ...

明白了,谢谢社长!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-2 20:29:01 | 只看该作者 Only view this author
另:还想咨询一下 Quadro M5000M跑GPU加速的效率如何?
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发表于 Post on 2021-3-3 01:27:40 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-3-2 20:29
另:还想咨询一下 Quadro M5000M跑GPU加速的效率如何?

过时的玩意儿,能凑合用,但比现在高端GPU差远了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 10:08:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-3 01:27
过时的玩意儿,能凑合用,但比现在高端GPU差远了

了解,谢谢社长
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 10:45:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-3 10:53 编辑
sobereva 发表于 2021-3-3 01:27
过时的玩意儿,能凑合用,但比现在高端GPU差远了

老师,那RTX 2060 6G相比这个在GPU加速方面要优秀得多是吗?是直接比较CUDA核心数就可以了么?
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发表于 Post on 2021-3-3 16:55:04 | 只看该作者 Only view this author
2060相比M5000确实强很多
同代同系列的卡确实是cuda核心数多的更好,但提升不线性,5888核心的3070才比1920核心的2060效率高一半左右

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 21:26:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-3 21:27 编辑
cheviax 发表于 2021-3-3 16:55
2060相比M5000确实强很多
同代同系列的卡确实是cuda核心数多的更好,但提升不线性,5888核心的3070才比192 ...
明白了,如果有GPU效率横测就好了(现在要做得找矿老板了)
我看到M5000M是128,2060 6G能到一千多,提升了十倍都惊了
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发表于 Post on 2021-3-4 00:38:07 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-3-3 21:26
明白了,如果有GPU效率横测就好了(现在要做得找矿老板了)
我看到M5000M是128,2060 6G能到一千多,提升了 ...

对于MD计算,quadro系列根本别考虑,性价比极低。本来Quadro定位就是专业作图方面的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-4 09:07:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-4 00:38
对于MD计算,quadro系列根本别考虑,性价比极低。本来Quadro定位就是专业作图方面的

好的,谢谢sob老师
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发表于 Post on 2021-3-4 09:34:07 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-3-3 21:26
明白了,如果有GPU效率横测就好了(现在要做得找矿老板了)
我看到M5000M是128,2060 6G能到一千多,提升了 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-20114-1-1.html
这有,不是很全,2060性价比相当高了,算力远超10系,30系也暂时没甩开20系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-4 10:28:04 | 只看该作者 Only view this author
cheviax 发表于 2021-3-4 09:34
http://bbs.keinsci.com/thread-20114-1-1.html
这有,不是很全,2060性价比相当高了,算力远超10系,30 ...

感谢
真·探

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