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[GROMACS] 想请教下用gromacs怎样计算苯环面与xy水平面之间的二面角?

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gmx angle -f md.xtc -ndihedral-bh.ndx -type dihedral

查阅gromacs手册,计算二面角时,ndx文件需要包含4个原子,以定义2个半平面。
如果要计算苯环平面与xy水平面之间的二面角的话,如何构建ndx文件呢?
谢谢!

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发表于 Post on 2021-3-2 23:20:45 | 只看该作者 Only view this author
这应当用gmx gangle

用这个更方便
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590http://bbs.keinsci.com/thread-21806-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 20:18:53 | 只看该作者 Only view this author
多谢社长深夜答疑解惑,辛苦了!

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