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[GROMACS] 如何准确检查对比两个itp文件的差异

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发表于 2021-3-4 21:23:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
在文件准备过程中,之前是通过Jerkwin.github生成.itp文件再进行个别原子参数的修改。
现在参考sob老师的帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html)后,在LigParGen生成了相同分子的itp文件,但是发现LigParGen也将pdb中的原子序号和名字也改了,单纯肉眼对比两个文件比较麻烦。

请问,要想对比出二者的不同参数或者其他不同信息,从而初步判断参数合理性。有没有什么好的办法呢?有没有像是mdout.pdb一样的文件来查看gromacs读取的分子参数呢?

谢谢。


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发表于 2021-3-4 21:32:23 | 显示全部楼层
产生OPLS-AA力场的拓扑文件一律优先用LigParGen,不要用其它的。LigParGen是OPLS-AA力场开发者自己搞的东西,不符的时候显然优先信这个。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2021-3-4 21:37:50 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-3-4 21:32
产生OPLS-AA力场的拓扑文件一律优先用LigParGen,不要用其它的。LigParGen是OPLS-AA力场开发者自己搞的东西 ...

明白了,感谢sob老师!

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