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[综合交流] 请教Gaussian优化分子(计算原子静电势)时使用b3lyp/6-31g*和hf/6-31g*是否合理

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发表于 2021-3-4 21:42:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 zzbyjr 于 2021-3-4 21:46 编辑

各位老师,我是做MD的,量化方向的小白,想按照文献中的方法给一个分子做优化并计算分子中各原子的RESP电荷,具体做法是先使用Gaussian得到静电势,然后利用AmberTools拟合出RESP电荷。在使用Gaussian时,文献中有如下描述,想跟各位老师请教:
1、文献的意思是否是先用b3lyp/6-31g*做优化,然后在此基础上,再用hf/6-31g*做优化并得到静电势?
2、文献的做法是否合理,是否有参考价值,让我也这么做?
感谢各位老师~
C:\Users\lzdyx\Desktop\question.jpg question.jpg

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喵星人

发表于 2021-3-5 05:08:40 | 显示全部楼层
一般做RESP电荷是HF/6-31G*计算当作水环境用的,GAFF力场本来也是这么定义的。结构本身用B3LYP/6-31G*优化也很正常

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发表于 2021-3-5 05:22:46 | 显示全部楼层
仔细看下文,别用你截图里的做法
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2021-3-5 09:50:32 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2021-3-5 05:08
一般做RESP电荷是HF/6-31G*计算当作水环境用的,GAFF力场本来也是这么定义的。结构本身用B3LYP/6-31G*优化 ...

感谢喵老师~

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 楼主| 发表于 2021-3-5 09:51:44 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-3-5 05:22
仔细看下文,别用你截图里的做法
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/ ...

感谢Sob老师~我去仔细学习下~

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 楼主| 发表于 2021-3-5 11:30:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 zzbyjr 于 2021-3-5 11:43 编辑

各位老师,由于我之前没有这方面的计算经验,还想进一步请教一下:

1、假如我的有机分子大约包含500左右的原子(GAFF力场,只包含前三周期元素),利用Gaussian计算静电势再用Atechamber拟合RESP电荷,或者利用Sob老师推荐的更优、更便捷的Multiwfn拟合RESP电荷,大约需要多长时间呢?(服务器单节点24核)

2、如楼上喵老师所讲,AMBER力场本身用的是HF/6-31G*计算静电势;Sob老师博文中也提到该方法实则“非常垃圾、无法忍受”,被沿用至今一是牵一发需动全身有点麻烦,二是误打误撞的巧合。考虑到我的分子包含原子数较多,在效率+准确性兼顾的前提下,各位老师有没有推荐的在Gaussian中更合适的优化方法呢?      (又看了Sob老师之前发给我的帖子“RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算”,心中似乎已经有了答案

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发表于 2021-3-6 00:43:39 | 显示全部楼层
zzbyjr 发表于 2021-3-5 11:30
各位老师,由于我之前没有这方面的计算经验,还想进一步请教一下:

1、假如我的有机分子大约包含500左右 ...

1 假设量化部分计算级别相同,24核这样核较多的时候用Multiwfn算RESP电荷会更快

2 用RESP2原理上好得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2021-3-6 08:46:17 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-3-6 00:43
1 假设量化部分计算级别相同,24核这样核较多的时候用Multiwfn算RESP电荷会更快

2 用RESP2原理上好得 ...

感谢Sob老师~
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