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[其它程序] 关于Travis软件的domain-analysis求助

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发表于 2021-3-5 22:12:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Regina 于 2021-3-6 08:48 编辑

我是一名做分子动力学模拟的研究生,作为一个初学者,现在在用travis这个软件的domain analysis模块对储层中的石油/CO2混相过程进行分析,请问我该怎么处理输出的若干.csv文件,才能画出下图中文献中那种voronoi面的图?另外,请问这个软件有没有公开的手册或者教程。因为我后续要研究一些有关氢键的内容,想通过travis计算水中氢键的寿命。还望各位前辈不吝赐教

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发表于 2021-3-6 00:35:07 | 显示全部楼层
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特意强调了:http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

有没有手册这种事自行去官网看。

算氢键寿命根本用不着travis。诸如gromacs自带的gmx hbonds就能直接给出氢键寿命

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 楼主| 发表于 2021-3-6 08:49:39 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-3-6 00:35
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特 ...

好的,我的图片已经改好了,谢谢您。

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发表于 2021-3-7 05:44:12 | 显示全部楼层
我没看出voronoi图和你要研究的问题有什么直接关系
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发表于 2021-3-7 16:26:44 | 显示全部楼层
请问travis分析中 楼主有遇到过报错提示Warning: Unexpected end of PDB file ;Error: Atom count = 0 at time step 2003问题吗,如何解决呢,谢谢

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 楼主| 发表于 2021-3-8 09:31:38 | 显示全部楼层
一条君 发表于 2021-3-7 16:26
请问travis分析中 楼主有遇到过报错提示Warning: Unexpected end of PDB file ;Error: Atom count = 0 at  ...

尚未遇到过您说的这种情况

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 楼主| 发表于 2021-3-8 09:31:55 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-3-7 05:44
我没看出voronoi图和你要研究的问题有什么直接关系

用以表征CO2/原油的混相状态

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发表于 2021-3-9 04:29:11 | 显示全部楼层
Regina 发表于 2021-3-8 09:31
用以表征CO2/原油的混相状态

混合状态也没必要用这么抽象的图,直接VMD里画个合适的图就完了
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