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[综合交流] 如何回复审稿人意见

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发表于 2021-3-6 06:08:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 47615182 于 2021-3-6 06:13 编辑

老师,您好,我研究的一个甾体化合物A,它目前没有晶体结构。我搭建初始结构的时候,是先从CCDC上下载了一个化合物B的晶体文件(A是B的衍生物),然后添加了一些衍生基团。这样搭建好初始结构之后,用Gaussian进行了优化。然后用标度法算的核磁,发现实验和计算的核磁数据,误差不大。同时也将红外拉曼紫外的实验和计算光谱进行了对比,吻合较好。就这样确证了结构,并在此构象的基础上做了其他的计算。审稿人提出的几个问题,想听一下卢老师的意见。(现在看到审稿人的意见,才想起,搭建完初始结构之后是不是该用molclus程序先做构象搜索然后再优化1. Conformational studies (pag. 7). The strategies to find the most stable structure of each compound are not described. The authors should include in the manuscript a clear explanation of this point.
11. Can the authors explain why there is such a difference in the wavenumbers IR and Raman for some IR and Raman bands assigned to the same normal mode?





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发表于 2021-3-6 07:13:51 | 显示全部楼层
1 应当做构象搜索,如果发现有其它波尔兹曼分布概率较大的构象,也应当算一下这些谱看看

2 没上下文我不好判断
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 楼主| 发表于 2021-3-6 07:52:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 47615182 于 2021-3-6 08:02 编辑

那请问老师,是先做构象搜索,然后再用高斯优化吗?构象搜索这一步,能否再补充到论文里啊?但是文件一变化,后面全都需要改变,有没有办法独立的补到文章里面去啊?

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 楼主| 发表于 2021-3-6 10:51:45 | 显示全部楼层
老师,我在别的贴子中看到您说的  刚性结构没有做构象搜索的必要。我这个结构是偏刚性的,是不是可以不做构象搜索呢?                                       1614999051(1).png

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发表于 2021-3-6 13:29:12 | 显示全部楼层
47615182 发表于 2021-3-6 10:51
老师,我在别的贴子中看到您说的  刚性结构没有做构象搜索的必要。我这个结构是偏刚性的,是不是可以不做构 ...

这个还是可以搜索一下的,毕竟好多键可以旋转

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 楼主| 发表于 2021-3-7 06:23:09 | 显示全部楼层
好的谢谢老师
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