计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 98498|回复 Reply: 21
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析交流] 静电势与平均局部离子化能相关资料合集

  [复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
静电势(Electrostatic potential, ESP)是波函数分析里十分重要的概念,对于讨论静电相互作用极为关键。平均局部离子化能(Average local ionization energy, ALIE)在一些化学问题研究上,特别是反应活性和位点问题研究上很重要。这个帖子里把静电势和平均局部离子化能的相关综述文章,以及我写过的大量各种博文/帖子进行汇总,使得需要考察这两个函数的人一次性知道都该看什么。

在量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(http://www.keinsci.com/workshop/WFN_content.html)中对静电势和平均局部离子化能的背景知识和分析操作有最为完整、全面、详尽的介绍,欢迎参加!



静电势:

推荐优先看这两篇:Electrostatic Potentials-Chemical Applications、The electrostatic potential-an overview,看完之后对静电势就有足够了解了。如果想研究得更深,再看The fundamental nature and role of the electrostatic potential in atoms and molecules。

Electrostatic Potentials-Chemical Applications.pdf (629.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 5265)
Molecular Electrostatic Potentials and Chemical Reactivity(Review in C.C. vol.2).pdf (3.23 MB, 下载次数 Times of downloads: 10714)
The Electrostatic Potential as a Guide to Molecular Interactive Behavior(in Chem.pdf (173.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 912)
The electrostatic potential-an overview.pdf (195.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 2345)
The fundamental nature and role of the electrostatic potential in atoms and molecules.pdf (125.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 1058)
Statistical analysis of the molecular surface electrostatic potential-an approac.pdf (665.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 687)
Molecular electrostatic potentials and noncovalent interactions.pdf (1.49 MB, 下载次数 Times of downloads: 32715)
Molecular electrostatic potential analysis-A powerful tool to interpret and pred.pdf (6.58 MB, 下载次数 Times of downloads: 339)

以下文章/资源都介绍了或涉及、利用到了静电势,强烈建议仔细看看
幻灯片:Multiwfn与波函数分析简介      <-图文并茂,十分建议初学者看!
http://sobereva.com/239
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用     (介绍了如何使用Multiwfn对分子表面上静电势分布特征做定量分析)
http://sobereva.com/159
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质    (主要基于分子表面静电势进行分析)
http://sobereva.com/337
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法
http://sobereva.com/493
谈谈如何衡量分子的极性  (里面介绍了如何基于分子表面静电势考察分子极性)
http://sobereva.com/518
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型  (介绍如何通过静电势等值线图考察分子间相互作用)
http://sobereva.com/209
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值
http://sobereva.com/645
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
幻灯片:Predicting reactive sites (反应位点的预测)
http://sobereva.com/234
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
谈谈怎么计算“原子的静电势”
http://sobereva.com/641http://bbs.keinsci.com/thread-29998-1-1.html
Multiwfn可以计算的分子描述符一览  (里面提到不少静电势相关的描述符)
http://sobereva.com/601http://bbs.keinsci.com/thread-23729-1-1.html
拟合静电势电荷的计算方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221&extra=page%3D1

下面这些文章专门介绍分子表面静电势的绘制:
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)必看!
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva.com/481http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html
基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
http://sobereva.com/639http://bbs.keinsci.com/thread-28913-1-1.html
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区
http://sobereva.com/98

PS:Multiwfn是最方便最强大的分析静电势的工具。可以很容易地计算静电势在空间中特定位置的值(主功能1),绘制一条直线、一个平面和某个空间范围内的静电势(分别用主功能3、4、5。绘制平面图的例子见手册4.4.4节),可以对静电势做盆分析和寻找空间中极大/极小点(主功能17,见上面盆分析的帖子),可以计算分子表面上静电势的统计量并寻找极值点(见上面的定量分子表面分析的帖子),可以结合VMD绘制高端漂亮的分子表面静电势填色图(见上面的帖子),可以获得RESP、MK等拟合静电势电荷或者考察特定的原子电荷对静电势的重现性等等等等。Multiwfn相关信息看《Multiwfn入门tips》(http://sobereva.com/167)、《Multiwfn FAQ》(http://sobereva.com/452)、《Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途》(http://sobereva.com/184)。

《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》(http://sobereva.com/572)介绍的笔者在Carbon期刊上发表的文章中利用Multiwfn做了充分的静电势分析,得到了很有意义的信息,十分推荐做静电势分析的人一看。此文也是使用Multiwfn研究弱相互作用非常好的范例。

Multiwfn中具有效率非常高的静电势计算代码,相关介绍见《Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表!》(http://sobereva.com/614)。使用Multiwfn做静电势相关分析时除了引用Multiwfn原文外也建议同时引用此文里提到的PCCP期刊上的文章。

我在J. Mol. Model., 26, 315 (2020)中提出的范德华势(van der Waals potential)是对静电势的重要补充。对于无极性、弱极性相互作用的情况,范德华作用起主导,因此应当通过范德华势进行考察,或者将静电势与范德华势相结合来考察。具体原理介绍、实现、分析例子看《谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制》(http://sobereva.com/551)、《使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值》(http://sobereva.com/645)。



平均局部离子化能:

这是平均局部离子化能原文
Average local ionization energies on the molecular surfaces of aromatic systems .pdf (305.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 849)

这是JMM上一篇很好的平均局部离子化能的综述
Average local ionization energy-A review.pdf (459.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 670)

这是Theoretical Aspects of Chemical Reactivity一书中的第8章,也是个不错的平均局部离子化能的综述
The average local ionization energy-concepts(Theoretical Aspects of Chemical Rea.pdf (395.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 419)

将局部极化率、平均局部离子化能、局部电子亲和性、局部硬度、局部电负性都讨论了一遍,都拿实例展现了一下,但结论比较乱,倒是表现出这些量各有优劣。
Local molecular properties and their use in predicting reactivity.pdf (280.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 448)

通过分子表面静电势和平均局部离子化能考察分子和原子团簇的综述
The Molecular Surface Property Approach-A Guide to Chemical Interactions in Chem.pdf (3.22 MB, 下载次数 Times of downloads: 616)

在前述的《Multiwfn与波函数分析简介》、《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》、《Predicting reactive sites (反应位点的预测)》、《使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用》中也都介绍和讨论了平均局部离子化能,强烈建议看看。

Multiwfn是最好的研究平均局部离子化能的工具,可以将之绘制成各种各样的图形,可以很方便地考察分子表面上的平均局部离子化能极值点,还能将平均局部离子化能分解为轨道的贡献(将settings.ini里的iALIEdecomp设为1,用主功能1计算某个点的数值就可以得到轨道的贡献)。

使用Multiwfn结合VMD可以非常方便地绘制平均局部离子化能着色的分子表面图,过程见《使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)》(http://sobereva.com/514)。

LEAE是一种与ALIE相似,但专门考察亲核位点的函数,与ALIE有关键性的互补,极具实用性,见《使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用》(http://sobereva.com/676)中的介绍。


评分 Rate

参与人数
Participants 46
eV +170 收起 理由
Reason
weitao + 5 谢谢分享
wolf_ + 4 谢谢
may123456 + 4 谢谢
Izso + 4 谢谢分享
daanyueluo + 2 好物!
ngaoo + 2 好物!
1145075595 + 5 谢谢分享
CQULS + 3 赞!
asdruguo + 3 赞!
梁梁阿萨德 + 3 好物!
sdcyxts168 + 3
awaychan + 2 精品内容
Gzh_NJ + 5 谢谢
lurensan + 4 赞!
Landyooo + 3 好物!
arancesee + 5 好物!
Rosefinch + 5 好物!
Aminus + 5 谢谢
fuqi + 4
lxt7687 + 3 牛!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

8

帖子

0

威望

72

eV
积分
80

Level 2 能力者

2#
发表于 Post on 2014-12-6 00:03:12 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,学习了

23

帖子

0

威望

1072

eV
积分
1095

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2014-12-6 16:46:16 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob分享
他年我若为青帝,报与桃花一处开。

48

帖子

0

威望

107

eV
积分
155

Level 3 能力者

4#
发表于 Post on 2015-1-16 10:22:10 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob

2

帖子

0

威望

106

eV
积分
108

Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2016-2-26 16:08:18 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob.太好了。。。

2

帖子

0

威望

9

eV
积分
11

Level 1 能力者

6#
发表于 Post on 2016-9-26 22:41:40 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob。

19

帖子

0

威望

227

eV
积分
246

Level 3 能力者

7#
发表于 Post on 2016-12-4 18:08:57 | 只看该作者 Only view this author
赞一个

27

帖子

0

威望

177

eV
积分
204

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2017-3-17 15:13:33 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob!!

15

帖子

0

威望

526

eV
积分
542

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2018-1-14 17:27:50 | 只看该作者 Only view this author
Sob 大大赛高

1

帖子

0

威望

7

eV
积分
8

Level 1 能力者

10#
发表于 Post on 2018-9-10 17:20:01 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢

1

帖子

0

威望

127

eV
积分
128

Level 2 能力者

11#
发表于 Post on 2019-2-27 09:24:30 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师~

32

帖子

0

威望

1740

eV
积分
1772

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2019-3-9 09:12:33 | 只看该作者 Only view this author
今天看到这个贴子真是太幸福了,赞~

9

帖子

0

威望

107

eV
积分
116

Level 2 能力者

13#
发表于 Post on 2019-9-8 22:18:36 | 只看该作者 Only view this author
学习了!谢谢sob!

1

帖子

0

威望

299

eV
积分
300

Level 3 能力者

14#
发表于 Post on 2021-5-25 03:11:49 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob老师!

1

帖子

0

威望

7

eV
积分
8

Level 1 能力者

15#
发表于 Post on 2021-10-22 10:46:28 | 只看该作者 Only view this author
厉害,厉害,学到了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 09:55 , Processed in 0.218930 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list