求助：在盒子上方固定位置处插入分子

Limk · 发表于 Post on 2021-3-8 19:39:30

各位老师好，请教一下大家如果我想在距离盒子表面1nm处插入一个分子，在不知道这个盒子尺寸的情况下能否实现这种插入？

nianbin · 发表于 Post on 2021-3-8 19:47:14

怎么会不知道盒子尺寸。如果确实不知道，可以直接把pdb复制到盒子的pdb后面，然后使用vmd移动并保存

Limk · 发表于 Post on 2021-3-8 20:16:22

nianbin 发表于 2021-3-8 19:47
怎么会不知道盒子尺寸。如果确实不知道，可以直接把pdb复制到盒子的pdb后面，然后使用vmd移动并保存

谢谢回复，因为我想做一个不断循环的插入建模，每次插入分子后，在这个重新得到的结构表面上方1nm再重新插入分子，做多个类似这样的循环，每次得到新结构都提取出来查看尺寸不太现实

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-8 21:01:10

怎么不现实
查询所有原子z坐标的最大值是很容易的事

Limk · 发表于 Post on 2021-3-8 21:08:18

sobereva 发表于 2021-3-8 21:01
怎么不现实
查询所有原子z坐标的最大值是很容易的事

请教老师应该用什么命令实现

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-9 04:17:18

Limk 发表于 2021-3-8 21:08
请教老师应该用什么命令实现

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[GROMACS] 求助：在盒子上方固定位置处插入分子