跑NVT过程中出现1000 steps, 2.0 ps. 段错误(吐核) 问题

gmx-xx

请问各位老师：我在跑NVT的过程中出现了：1000 steps,      2.0 ps. 段错误(吐核)，请问是什么原因啊？我的NVT参数是如下设置的，麻烦各位老师帮忙看看。我模拟的是药物小分子进入磷脂双分子层（pull）。请问老师是参数设置的有问题吗？


NVT equilibration
; Run parameters
define      = -DPOSRES
integrator  = md         
nsteps      = 1000   
dt          = 0.002   
; Output control
nstxout     = 500        
nstvout     = 500     
nstenergy   = 500      
nstlog      = 500      
; Bond parameters
continuation            = no      
constraint_algorithm    = lincs     
constraints             = hbonds
lincs_iter              = 1
lincs_order             = 4
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid     
nstlist         = 10      
rcoulomb        = 1.0   
rvdw            = 1.0   
; Electrostatics
coulombtype     = PME   
pme_order       = 4
fourierspacing  = 0.16
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale            
tc-grps     = 4QMV   69F   
tau_t       = 0.1    0.1        
ref_t       = 300      300      
; Pressure coupling is off
pcoupl      = no     
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz        
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel     = yes      
gen_temp    = 300   
gen_seed    = -1

sobereva

光从这上无从判断，结构和拓扑文件的不合理都会造成这种错误，反复自行检查和尝试

不是很低温度下用gen_vel     = yes是很不建议的

牧生

不是很低温度下用gen_vel     = yes是很不建议的

那么，大约多少算是很低？

如果我做结冰模拟，温度270K  或者   260K   ，算不算很低。。。
这个“很低”，并没有一个明确的概念值，那么如何确定，在什么温度下是否该使用gen_vel     = yes

sobereva

牧生 发表于 2021-3-11 12:24
不是很低温度下用gen_vel     = yes是很不建议的

那么，大约多少算是很低？

和初始结构关系也很大
一般来说都没有理由用gen_vel = yes，明显线性升温理想、稳妥得多
一二百K用这个一般还算安全