求助：用GROMACS计算离子液体的扩散小数小一个量级如何解决

李春晖

bobosiji 发表于 2021-3-13 08:58
"LINCS做all bond constraint": sob老师不是强烈反对这个么？个人觉得限制不含H原子的化学键也不合理哇

我刚做完NH热浴的情况，产生相跑10ns，用all-bonds约束加NH热浴，扩散系数结果为0.17×10^-5，h-bonds约束加NH热浴结果为0.45×10^-5，实验值是0.23×10^-5，文献模拟结果是0.11×10^-5（或0.18×10^-5，力场不一样）。感觉也是原理上只对H做约束更合理，只是为重复下文献先试一下，实际做研究应该很少对所有键施加约束。

李春晖

k64_cc 发表于 2021-3-12 22:50
我只看了TBP这一篇，要不你切个Nose-Hoover再跑一遍？他们产生相是用NH跑的。我刚用LJ fluid试了一下，NH ...

感谢，换成NH热浴后结果量级一致，对扩散系数计算改进明显；对于约束all-bonds和h-bonds二者之间差异不算大（分别为0.17×10^-5和0.45×10^-5）。后续应该还会用h-bonds，原理上更好一些。开始没想到热浴会引起这样的差异，还得多看书，多尝试。。。

k64_cc

bobosiji 发表于 2021-3-13 08:58
"LINCS做all bond constraint": sob老师不是强烈反对这个么？个人觉得限制不含H原子的化学键也不合理哇

我也反对啊，但是我们这不是说重复文献的事吗。我还反对拿NPT算diffusion constant呢，这不是也没提……

珂珂

您好，请问您这个问题最后怎么解决的？我也遇到了跟您类似的问题

李春晖

珂珂 发表于 2024-1-4 15:28
您好，请问您这个问题最后怎么解决的？我也遇到了跟您类似的问题

最后是换成NH热浴后结果量级一致