namd对GPU利用率很低

yl233 · 发表于 Post on 2021-3-12 16:46:54

本帖最后由 yl233 于 2021-3-12 16:50 编辑

向各位请教一下，namd对CPU的依赖性很强吗？使用GPU加速的namd，在4-16个核的情况下，对一块GPU的利用率只有8%-50%，这是为什么呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-12 16:54:19

https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd/-/tree/devel

下devel分支，并且编译--with-single-cuda版本

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-12 16:55:37

fhh2626 发表于 2021-3-12 16:54
https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd/-/tree/devel

下devel分支，并且编译--with-single-cuda版本

不过如果你要用Colvars的功能的话还是只能跑传统版本的

yl233 · 发表于 Post on 2021-3-12 19:19:57

fhh2626 发表于 2021-3-12 16:55
不过如果你要用Colvars的功能的话还是只能跑传统版本的

我应该不用Colvars的功能，只是跑SMD，不用Colvars算结合自由能。但是打不开你给的链接，不是很懂devel分支

，是用了这个就可以加快吗？请问有详细的编译教程或者关于devel的介绍吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-13 08:52:16

yl233 发表于 2021-3-12 19:19
我应该不用Colvars的功能，只是跑SMD，不用Colvars算结合自由能。但是打不开你给的链接，不是很懂devel分 ...

你要先注册一个帐号

devel分支就是开发版，速度会快很多，GPU利用率都是99%

yl233 · 发表于 Post on 2021-3-13 12:39:51

fhh2626 发表于 2021-3-13 08:52
你要先注册一个帐号

devel分支就是开发版，速度会快很多，GPU利用率都是99%

请问这个devel分支开发版和namd官网上的source code是一样的吗？我是不是也可以用官网上这个https://www.ks.uiuc.edu/Developm ... gi?PackageName=NAMD

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-3-15 09:26:34

yl233 发表于 2021-3-13 12:39
请问这个devel分支开发版和namd官网上的source code是一样的吗？我是不是也可以用官网上这个https://www. ...

官网上的话，你要下single node版本

退休老干部 · 发表于 Post on 2021-3-24 14:51:33

fhh2626 发表于 2021-3-12 16:54
https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd/-/tree/devel

下devel分支，并且编译--with-single-cuda版本

您好，大佬，请问你这发的链接打不开是怎么回事，去了这个链接的namd主页看了看，也没有devel版

Amphibiouskii · 发表于 Post on 2023-7-19 17:20:29

fhh2626 发表于 2021-3-12 16:55
不过如果你要用Colvars的功能的话还是只能跑传统版本的

我也遇到了这个问题，GPU的占用率只有40%左右，不过使用了colvars，是使用colvars功能了就会这样吗？还是说是binary版本的原因……

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-7-20 12:07:01

Amphibiouskii 发表于 2023-7-19 17:20
我也遇到了这个问题，GPU的占用率只有40%左右，不过使用了colvars，是使用colvars功能了就会这样吗？还是 ...

使用了Colvars就是这样

不用的话，加上CUDASOAIntegrate on，GPU利用率可以达到99%

DwyaneWan · 发表于 Post on 2024-3-27 23:59:05

fhh2626 发表于 2021-3-12 16:54
https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd/-/tree/devel

下devel分支，并且编译--with-single-cuda版本

老师你好，我使用了colvars之后，gpu占用率16%，cpu给的越多，速度也没见提升很多呢。

这个正常吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-3-28 10:13:34

DwyaneWan 发表于 2024-3-27 23:59
老师你好，我使用了colvars之后，gpu占用率16%，cpu给的越多，速度也没见提升很多呢。这个正常吗

下最新版（3.0b6），在configure文件里面加上cudasoaintegrate on，CPU只给一个核，利用率就会变高

DwyaneWan · 发表于 Post on 2024-4-11 10:39:37

fhh2626 发表于 2024-3-28 10:13
下最新版（3.0b6），在configure文件里面加上cudasoaintegrate on，CPU只给一个核，利用率就会变高

那fu老师，如果在conf中加入了wrap 所有分子会影响速度吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-4-11 11:22:58

DwyaneWan 发表于 2024-4-11 10:39
那fu老师，如果在conf中加入了wrap 所有分子会影响速度吗

不会

Azrael · 发表于 Post on 2024-5-18 10:30:36

fhh2626 发表于 2024-3-28 10:13
下最新版（3.0b6），在configure文件里面加上cudasoaintegrate on，CPU只给一个核，利用率就会变高

付老师您好，我用的是3.0b7版本NAMD3，namd3 +p20 +idlepoll +devices 1 000.1_eq.conf > 000.1_eq.log &跑起来没问题；
在configure文件里面加上cudasoaintegrate on，CPU改为一运行namd3 +p1 +idlepoll +devices 1 000.1_eq.conf > 000.1_eq.log & 就会报错FATAL ERROR: CUDA error cudaStreamSynchronize(stream) in file src/CudaTileListKernel.cu, function buildTileLists, line 1141
on Pe 0 (rocky9 device 1 pci 0:3b:0): an illegal memory access was encountered
，请问可能是什么原因呢

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[GPU加速] namd对GPU利用率很低