gromacs跑了10ns小分子在水盒子中的模拟，形成的胶束在pymol里分块显示

黑择明 · 发表于 Post on 2021-3-12 21:59:53

求助：
我的体系是建立一个水盒子，中央放一个小分子，再随机放置36个其他的小分子，填充满水，用GROMACS
跑完10ns之后，生成的gro文件。
请问这是由于什么原因导致的呢？有什么解决办法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-13 06:18:08

用PBC记录轨迹显然会这样

在VMD里把周期镜像显示出来就能看到完整的胶束

domeri2008 · 发表于 Post on 2022-7-4 18:00:59

请问老师，比如跑50个分子形成胶束，49个聚成一团，总有一个跑出来怎么办？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-7-4 18:51:50

domeri2008 发表于 2022-7-4 18:00
请问老师，比如跑50个分子形成胶束，49个聚成一团，总有一个跑出来怎么办？

初始构型把单体分子建为一个球，外面包上溶剂。多建几个不同的初始构型，跑更长的轨迹。如果一直没法形成单个胶束，或许是因为最概然聚集数远大于或小于50

domeri2008 · 发表于 Post on 2022-7-4 22:50:40

Entropy.S.I 发表于 2022-7-4 18:51
初始构型把单体分子建为一个球，外面包上溶剂。多建几个不同的初始构型，跑更长的轨迹。如果一直没法形成 ...

好的，谢谢，懂了，我再跑长点。另外是不是不应该设平动限制？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-7-4 23:12:21

domeri2008 发表于 2022-7-4 22:50
好的，谢谢，懂了，我再跑长点。另外是不是不应该设平动限制？

没必要加限制

domeri2008 · 发表于 Post on 2022-7-6 11:45:34

Entropy.S.I 发表于 2022-7-4 23:12
没必要加限制

好的，谢谢

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-25 15:33:19

你好，可以请教一下你是怎么建立一个水盒子，中央放一个小分子，再随机放置36个其他的小分子，填充满水，用GROMACS
跑完10ns模拟的吗过程及命令可以告知一下吗，我刚接触都不太懂按照手册模拟还行，换成自己的分子就不知道怎么做了而且手册上是通过pdb文件得到gro文件，跟我的获取方式不太同。

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