有机柔性分子构象搜索时spartan和confab哪个更好？

Altair · 发表于 Post on 2021-3-12 22:38:26

本帖最后由 Altair 于 2021-3-12 22:44 编辑

各位老师好。在论坛里搜索了与构象搜索有关的文章后，个人认为spartan和confab都是比较好的产生初始构象的工具，但对于普通的单个有机柔性分子，不知哪个更好？哪个更准确？

以下是个人理解：spartan的优点有图形化界面，可以自由选择想旋转的键，以及旋转角度。但缺点一个是收费的，另一个是sob老师在http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html里提到“虽然用Spartan、Macromodel、GMMX等一些傻瓜式的构象搜索程序基于分子力场做构象搜索仿佛看起来又简单又快，但由于主流分子力场精度太low，结果可靠性极低，根本没多大实际意义”，似乎结果不太准确。

confab使用也十分方便，只需在openbabel里输入相关命令即可。但哪些键可以操作完全是由confab自身决定的，感觉有点黑箱，不知道在学术界承认度高不高？如果用了会不会被审稿人怼？

感谢各位老师费心解答。

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-13 00:10:19

不可能被怼。confab把所有可能旋转的键都考虑进去，考虑了哪些屏幕上也都明确输出了，自己一看便知

如果你想人为控制哪些键可旋转，直接用gentor不就完了，毫无必要用spartan
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

Altair · 发表于 Post on 2021-3-13 09:10:26

sobereva 发表于 2021-3-13 00:10
不可能被怼。confab把所有可能旋转的键都考虑进去，考虑了哪些屏幕上也都明确输出了，自己一看便知

如果 ...

明白了，谢谢sob老师

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[综合交流] 有机柔性分子构象搜索时spartan和confab哪个更好？

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