COF/MOF反应部位的量化计算边界原子该如何处理？

Yan_njit

尊敬的各位老师：
       您好！
       受博文“使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题http://sobereva.com/540”的启发，在计算COF和
MOF的吸附反应，也想尝试这样。在抠出反应部位时，边界原子该如何处理，例如对于如下图的COF（红色部分为
反应部位），可以将边界原子作为用NH2来代替嘛？在此感谢各位老师

sobereva

可以

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“COF/MOF反应部位的量化计算 ”改了，以后务必注意。

Yan_njit

sobereva 发表于 2021-3-14 02:00
可以

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提 ...

非常感谢社长的解答，会注意发帖时的标题，再次感谢

shengd13

借楼请教各位老师，在用簇模型处理cof对小分子吸附问题时，cof是否需要固定呢？如果没有固定的话优化完了cof并非是平面结构，似乎与实际情况不太相符。如果固定的话是全部固定，还是仅固定吸附位点之外的其他原子呢？感谢各位老师。

wzkchem5

shengd13 发表于 2022-9-29 09:59
借楼请教各位老师，在用簇模型处理cof对小分子吸附问题时，cof是否需要固定呢？如果没有固定的话优化完了co ...

实验是怎么知道COF是严格的平面结构的？用的什么手段表征的？
很多时候实验乍看起来一个结构是平面的，其实是因为实验的分辨率比较低，看不出非平面性，或者实验看到的是热振动平均的结构。

shengd13

wzkchem5 发表于 2022-9-29 17:12
实验是怎么知道COF是严格的平面结构的？用的什么手段表征的？
很多时候实验乍看起来一个结构是平面的， ...

谢谢您的回复，我采用簇模型算了一下，只取了六边形cof的两条边，结构优化完后，与反应基团相距较远的边界基团出现了较大幅度的位移，如果是完整的六边形结构束缚成环，即便不是严格的平面结构，应该也不会有这么大幅度的位移，因此我想是不是需要将部分甚至cof上的全部原子固定以得到更合理的结果。我看到社长那篇讲述限制性优化的帖子，对碳纳米管就是全部固定，而如果将cof分为吸附位点的基团和骨架，是不是仅仅将骨架固定住，是比较合理的做法呢？感谢老师

wzkchem5

shengd13 发表于 2022-9-29 11:20
谢谢您的回复，我采用簇模型算了一下，只取了六边形cof的两条边，结构优化完后，与反应基团相距较远的边 ...

如果你单独优化cof，结构会有这样的变化吗？

shengd13

wzkchem5 发表于 2022-9-29 19:39
如果你单独优化cof，结构会有这样的变化吗？

稍微有一点变化，但是相比有小分子影响时要好得多，下图就是单独优化cof的情况，图1是俯视图，图2是侧视图

wzkchem5

shengd13 发表于 2022-9-29 13:13
稍微有一点变化，但是相比有小分子影响时要好得多，下图就是单独优化cof的情况，图1是俯视图，图2是侧视 ...

这个簇有点太小了，建议用分子力学或者半经验方法描述周边的cof原子，我觉得这个簇起码得有一个完整的笼子的大小才能研究吸附

shengd13

wzkchem5 发表于 2022-9-29 20:50
这个簇有点太小了，建议用分子力学或者半经验方法描述周边的cof原子，我觉得这个簇起码得有一个完整的笼 ...

好的，我再考虑考虑，谢谢您的回复