gromacs中的MD积分算法问题

HZW · 发表于 Post on 2021-3-16 19:16:34

本帖最后由 HZW 于 2021-3-16 20:55 编辑

GROMACS中默认的MD积分方法是所谓的 蛙跳式算法。
蛙跳式算法使用了下面图片中的方法更新位置和速度

问题是已知t时刻的位置和速度，在gromacs中如何求得v(t-1/2*denta*t)以及v(t+1/2*denta*t)这两个时刻的速度来更新位置和速度

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-16 19:38:55

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

HZW · 发表于 Post on 2021-3-16 20:08:39

sobereva 发表于 2021-3-16 19:38
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特 ...

好的。卢老师

wangxubo · 发表于 Post on 2021-3-17 04:18:42

{r(t+\delta t)-r(t)}/\delta t = v(t+1/2\delta t),这样上一个时刻的速度就是v(t-1/2\delta t)

HZW · 发表于 Post on 2021-3-17 09:43:54

wangxubo 发表于 2021-3-17 04:18
{r(t+\delta t)-r(t)}/\delta t = v(t+1/2\delta t),这样上一个时刻的速度就是v(t-1/2\delta t)

还是没太懂，我想了一下，应该是在MD积分时间内的话，gromacs认为是匀变速直线运动，而且在积分时间内应力是t时刻的力，才能利用匀变速直线运动公式计算出v(t+1/2\delta t)和v(t-1/2\delta t)。

wangxubo · 发表于 Post on 2021-3-19 20:35:58

HZW 发表于 2021-3-17 09:43
还是没太懂，我想了一下，应该是在MD积分时间内的话，gromacs认为是匀变速直线运动，而且在积分时间内应 ...

你这话说的颠三倒四的,不懂你在说什么.不是什么匀变速直线运动,如果dt足够小,你把它当作匀速就好了.

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