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[GROMACS] 求助手动加入离子的问题

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楼主
请问大家 我手动往力场里的ions.itp文件加了氢离子,然后也在atomtypes.atp文件里写了氢离子,然后拓扑文件中也包含了ions.itp,为啥我grompp的时候还是报错 显示没找到氢离子的原子类型呢

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发表于 Post on 2021-3-17 12:04:32 | 只看该作者 Only view this author
你应该在ffnonbonded.itp里写上相应的原子参数
God's in his heaven,all is right with the world

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发表于 Post on 2021-3-17 14:01:24 | 只看该作者 Only view this author
氢离子是特殊的离子,直接添加这不合适吧?

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发表于 Post on 2021-3-18 05:34:00 | 只看该作者 Only view this author
注意质子的存在形式。在一般溶剂里氢都和溶剂形成质子化的溶剂分子,直接拿H+来跑原理上不妥
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-18 09:31:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-18 05:34
注意质子的存在形式。在一般溶剂里氢都和溶剂形成质子化的溶剂分子,直接拿H+来跑原理上不妥


那请问老师我如果体系是大量负电荷体系,如果想用氢来中和负电荷,应该怎么添加呢?谢谢老师解答

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发表于 Post on 2021-4-4 05:26:39 | 只看该作者 Only view this author
gmx-xx 发表于 2021-3-18 09:31
那请问老师我如果体系是大量负电荷体系,如果想用氢来中和负电荷,应该怎么添加呢?谢谢老师解答

我回复说了,是要通过质子化的溶剂分子来中和
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发表于 Post on 2021-4-4 12:22:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2021-4-4 15:58 编辑

就是加足够的水合氢离子吧?
http://bbs.keinsci.com/thread-22179-1-1.html
又菜又爱玩

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