请教个小白问题，怎么建立一个空模拟盒子？

落伦丹的秋天 · 发表于 Post on 2021-3-17 20:45:51

我看editconf 命令的-f后面必须有一个gro，我现在没有初始分子的gro（1）请问怎么建立一个边长是10nm的立方体空盒子？
（2）怎么建立一个边长是10nm的立方体盒子并且充满了水？
该用啥命令
问题有点小白，请多多指教，谢谢

lyj714 · 发表于 Post on 2021-3-17 20:56:13

本帖最后由 lyj714 于 2021-3-17 21:00 编辑

(1) 一般没有空gro这一说
(2) gmx solvate -cs spc216.gro -box 10 10 10 -o box.gro

落伦丹的秋天 · 发表于 Post on 2021-3-17 21:04:27

lyj714 发表于 2021-3-17 20:56
(1) 一般没有空gro这一说
(2) gmx solvate -cs spc216.gro -box 10 10 10 -o box.gro

感谢，刚试了一下，gmx solbate 和gmx insert-molecules 这俩命令貌似都可以用，只要有-box选项就不需要-f选项啦。

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-18 05:37:14

insert-molecules是单分子结构随机插入，产生的溶剂盒子的质量和solvate完全没法比

落伦丹的秋天 · 发表于 Post on 2021-4-14 15:09:48

sobereva 发表于 2021-3-18 05:37
insert-molecules是单分子结构随机插入，产生的溶剂盒子的质量和solvate完全没法比

感谢，那以后能用solvate的时候就不用insert

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