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[GROMACS] 关于opls-aa力场和gromos力场混用的问题?

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文章描述的是Poly [2, 20-(p-Phenylene)-5, 50-bibenzimidazole 和 poly(2, 5 Benzimidazole) 这两个聚合物熔体在磷酸中的构象变化。两个聚合物选用的力场是opls-aa力场,对其中的二面角参数进行了修改,而磷酸是基于一篇文献,我看文献是基于gromos力场模拟的,我想问下gromos力场和opls-aa力场可以混用吗???

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发表于 Post on 2021-3-18 23:52:51 | 只看该作者 Only view this author
不可混用,combine rule不同,打开力场/forcefield.itp就能看出来
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发表于 Post on 2021-3-19 06:55:49 | 只看该作者 Only view this author
直接就可以用OPLS-AA模拟磷酸
这么混用不被审稿人批才怪
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 09:04:39 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2021-3-18 23:52
不可混用,combine rule不同,打开力场/forcefield.itp就能看出来

谢谢您。那我想请问一下,如果两个力场的这个combine rule一样的话就可以混用吗?或者说混用的话,需要注意些什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 09:05:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 努力向上的boy 于 2021-3-19 09:08 编辑
sobereva 发表于 2021-3-19 06:55
直接就可以用OPLS-AA模拟磷酸
这么混用不被审稿人批才怪

谢谢老师,文章是rsc advances,在文献中没有明确提到引用gromos力场,只是说引用了哪个文献,引用的文献是用的gromos模拟的磷酸。您可以推荐下这个用oplsaa力场模拟磷酸的文献吗?

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发表于 Post on 2021-3-19 10:03:01 | 只看该作者 Only view this author
rsc advances这种水货期刊有啥可看的,就算混合规则一样也不能混用,不然也不可能分为多种力场

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发表于 Post on 2021-3-19 12:55:45 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-3-19 09:04
谢谢您。那我想请问一下,如果两个力场的这个combine rule一样的话就可以混用吗?或者说混用的话,需要注 ...

一样也不一定可以混用, 需要看力场参数的具体拟合方式是否相同。 一般力场可以混用的时候会在文章里提到。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 15:35:10 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2021-3-19 12:55
一样也不一定可以混用, 需要看力场参数的具体拟合方式是否相同。 一般力场可以混用的时候会在文章里提到 ...

好的谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 15:36:05 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2021-3-19 10:03
rsc advances这种水货期刊有啥可看的,就算混合规则一样也不能混用,不然也不可能分为多种力场

好的,谢谢,因为它里面提到了一个我想用的分子的力场

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发表于 Post on 2021-5-8 21:26:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 06:55
直接就可以用OPLS-AA模拟磷酸
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老师,您好,我想请问一下,对于含有过渡金属的锌卟啉和镍卟啉使用Gromacs进行动力学模拟,选择力场时,很多不适合,且无法获得分子的top文件,所以看有PCFF力场中含有金属的参数,可以使用该力场吗,但是应该用什么软件获得该力场的top和itp文件?谢谢老师

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发表于 Post on 2021-5-9 03:35:28 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-8 21:26
老师,您好,我想请问一下,对于含有过渡金属的锌卟啉和镍卟啉使用Gromacs进行动力学模拟,选择力场时, ...

不能
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发表于 Post on 2021-5-10 10:11:10 | 只看该作者 Only view this author

老师,那对于金属卟啉应该选择什么力场,我试了好几种力场都不适合,读文章发现有用GROMOS54A7力场计算金属卟啉,但是镍卟啉刚用ATB提交就出现错误, Atom type 'NI' not currently supported by the ATB.所以想请问一下老师:
1)关于金属卟啉应该选择怎样的力场合适?
2)关于镍卟啉出现的问题应该选择什么工具获得它的top和itp文件?谢谢老师

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发表于 Post on 2021-5-10 13:39:15 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-10 10:11
老师,那对于金属卟啉应该选择什么力场,我试了好几种力场都不适合,读文章发现有用GROMOS54A7力场计算金 ...

本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细阅读几篇含有金属卟啉的MD文章不可能一篇都没交代具体细节。ATB也只是给有机分子用的。
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发表于 Post on 2021-5-10 16:55:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细 ...

老师,一篇文章可以使用多个力场吗,比如锌卟啉和镍卟啉用一个力场,如何镁卟啉使用另一个力场,然后将最终得到的结果进行对比,还是说都需要使用同一种力场才可以?

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发表于 Post on 2021-5-10 20:49:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细 ...

老师,在一篇文献中找到了镍的相关参数,但是添加到gromos54a7.ff里面的ions.tip文件中,然后使用 gmx_mpi pdb2gmx -f ni.pdb -o fws.gro -water spce进行计算,出现了下面的错误,想请问老师这个情况应该怎么处理,辛苦老师了

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