求助，冻结的原子坐标会变化

chuanghao

   将小分子牵引穿过膜时，发现小分子基本不动，而“freeze”的虚原子却被牵引了，尝试只有小分子和虚原子的NVT体系，发现虚原子freeze之后，坐标仍然会改变，而小分子和虚原子都freeze则坐标不会改变。最后，尝试只有两种小分子的NVT系综，freeze其中一个小分子，最后坐标也发生了变化。以上模拟都使用gmx2018，最后的nvt模拟设置如图所示。
   而使用gmx5.1.2，发现上面模拟中所有freeze的原子坐标都不会变化。不知道这是2018版本的一个小BUG，还是什么别的原因。

sobereva

把消平动设置关了试试

chuanghao

sobereva 发表于 2021-3-24 11:06
把消平动设置关了试试

感谢sob老师。将平动消除设置为”none“之后，虚原子就freeze不动了。但是这样子设置是否会有不合理的地方（想研究的体系是小分子穿过角质层双层膜的体系）？另外，尝试了对除虚原子外的原子消除平动，结果仍是虚原子坐标会改变。