求助：使用VMD转data文件后运行时报错改怎么修改

cdcdcd · 发表于 Post on 2021-3-24 14:44:58

各位老师好！我用raspa进行吸附模拟后得到吸附构型，用MS软件转成pdb格式后使用VMD转成的data文件。
使用vmd转data文件使用的命令是
topo guessangles
topo guessdihedrals
topo guessimpropers
topo writelammpsdata xxx.data
最后成功的得到了data文件，但是文件里面没有力场参数
我用这个data文件跑lammps计算时，报了一个这样的错误。错误信息为：Invalid atom ID in Dihedrals section of data file.
请问出现这样错误是什么原因呢？要怎么修改呢？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-25 12:14:32

没有力场参数自然是不能运行的吧，需要自己写进coeff里

txh · 发表于 Post on 2021-5-22 18:13:03

请问楼主解决了吗？

cdcdcd · 发表于 Post on 2021-6-2 15:09:52

txh 发表于 2021-5-22 18:13
请问楼主解决了吗？

没有，用VMD转换键比较乱，换软件了，转data文件可以用msi2lmp

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[Lammps] 求助：使用VMD转data文件后运行时报错改怎么修改

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