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[GROMACS] 金属离子-有机物力场文件求助

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请问怎样可以生成下面配合物(金属离子-有机物)的力场文件,可以生成OPLA-AA力场文件。

1.gjf.txt

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111.tif

2.26 MB, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2021-3-25 16:42:36 | 只看该作者 Only view this author
不要把图片作为附件上传
用恰当的图片格式直接贴图,仔细看置顶的新社员必读贴。若提示图片超过尺寸说明图片太大(自行用ps之类程序调整合适),并改用jpg格式结合恰当的quality设置
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-3-25 16:46:24 | 只看该作者 Only view this author
应当说明具体要算什么问题
很多情况直接用CP2K跑GFN1-xTB的动力学,比起先折腾力场然后再用GROMACS跑省事得多

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 17:27:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,不好意思,下次注意。
老师,我做萃取过程的模拟,模拟萃取结束后,想模拟一下配合物在两相及界面的行为。参考文献中的工作(图片中标黄部分)。

123.png (408.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

123.png

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发表于 Post on 2021-3-26 14:14:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-25 16:46
应当说明具体要算什么问题
很多情况直接用CP2K跑GFN1-xTB的动力学,比起先折腾力场然后再用GROMACS跑省事 ...

请问老师,有没有用CP2K跑GFN1-xTB动力学相关博文?

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发表于 Post on 2021-3-26 19:33:33 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2021-3-26 14:14
请问老师,有没有用CP2K跑GFN1-xTB动力学相关博文?

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
里面有创建输入文件的例子
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发表于 Post on 2021-3-26 19:35:29 | 只看该作者 Only view this author
Truenesscool 发表于 2021-3-25 17:27
老师,不好意思,下次注意。
老师,我做萃取过程的模拟,模拟萃取结束后,想模拟一下配合物在两相及界面的 ...

这不算配合物。Cs+是和BPC6靠静电作用维持的。
建议用Merz的离子力场描述Cs,结合acpype产生的其它分子的GAFF力场的拓扑文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-7 21:16:24 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,我试了一下

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