求助运行Gromacs需要的电脑配置

ScarlettRay · 发表于 Post on 2021-3-25 19:22:19

我这边需要做的计算是DNA分子、蛋白质与化合物的动力学仿真过程。DNA分子大概约有20--30个碱基对的长度。蛋白质也是比较常见的干扰素。这边的化合物有二元如铋硒，也有四元化合物。这边对电脑的要求高吗？大概有什么要求呢？麻烦各位老师了！！！

ScarlettRay · 发表于 Post on 2021-3-25 19:45:57

找到了老师之前发的帖子，是我唐突啦。谢谢各位老师啦。

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-3-25 19:47:47

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-25 19:49 编辑

http://sobereva.com/444
往下拉有GPU加速的动力学配置，上面有量子化学的机器配置推荐，建议两个都参考，不耽误做AIMD，DFT和GROMACS计算你这个体系可以选择做QM/MM，xtb动力学以及GROMACS等分子动力学，看你需要，做DFT也能做得动

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-25 20:06:23

注意搞计算化学的人说“模拟”不说“仿真”

这种大小体系一万块钱弄个6核机子加个高端GPU就非常理想了

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-3-25 20:50:25

按一年前的GPU价格，一台机子5000就理想了

ScarlettRay · 发表于 Post on 2021-5-7 16:14:39

sobereva 发表于 2021-3-25 20:06
注意搞计算化学的人说“模拟”不说“仿真”

这种大小体系一万块钱弄个6核机子加个高端GPU就非常理想了

知道了，谢谢老师提醒。

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