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[GROMACS] 计算两个组质心距离问题

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楼主
老师您好,我想计算两个组质心距离的变化,一个A组是51-58号原子,一个B组是99,101,103-105号原子
一开始我设置了index.ndx,想用gmx mindist调用,但是发现不能计算质心距离
后来我用了gmx pairdist -f fixed.xtc -s em-gas.tpr -n index.ndx -ref “com of A ” -sel"com of B" -o dist.xvg 发现不能识别
用-ref “com of atomnr 51-58”定义发现它只计算了51号原子
那请问老师,我如果想计算刚才那两个组,ref和sel应该分别怎么定义呢?谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-3-25 22:19:23 | 只看该作者 Only view this author
A、B前头都写上group
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-26 09:42:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-25 22:19
A、B前头都写上group

非常谢谢老师!我的两个组分别叫r62noH  NAGnoH
那我是否应该写成gmx pairdist -f fixed.xtc -s em-gas.tpr -n index.ndx -ref "com of group r62noH" -sel "com of group NAGnoH"
谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-3-26 09:43:54 | 只看该作者 Only view this author
961106 发表于 2021-3-26 09:42
非常谢谢老师!我的两个组分别叫r62noH  NAGnoH
那我是否应该写成gmx pairdist -f fixed.xtc -s em-gas. ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-26 10:55:12 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢老师!!!

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发表于 Post on 2024-9-18 21:07:27 | 只看该作者 Only view this author
你好,我想请问一下你是怎么确定几号到几号原子对应的是什么呢

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