dmol3算晶体，原子选择什么constraints ？

zyj19831206

我计算了乙醇的氢转移反应，最后表面原子怎么起来了？我是将底层fix的，过渡态也是虚频很多，搜索过渡态好麻烦。

平辉正

你到底想说啥？

卡开发发

表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

表面至少要取六层吗？氢转移反应具体的计算不知道怎么搞？

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

自己在这里捣鼓过渡态计算，没人交流，好多不知道，哎。。。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

兄弟，dmol3过渡态计算你最熟啊，你什么时候开个帖子，做个系统的讲解讲解啊。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:09
表面至少要取六层吗？氢转移反应具体的计算不知道怎么搞？

你要不把反应的细节写出来，然后再来一块分析。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-24 14:25
你要不把反应的细节写出来，然后再来一块分析。

这个是那个反应的文献，我都是重复文献。

卡开发发

@jiewei 来看奇观，CASTEP做PAW。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-25 00:04
这个是那个反应的文献，我都是重复文献。

等着先把你上一个做出来再说。这种文献重复起来意思不大。

minagami

卡开发发 发表于 2015-11-25 00:32
@jiewei 来看奇观，CASTEP做PAW。

请问一下用CASTEP做PAW存在什么问题吗？
在维基上查到的PAW定义是：The projector augmented wave method (PAW) is a technique used in ab initio electronic structure calculations. It is a generalization of the pseudopotential and linear augmented-plane-wave methods, and allows for density functional theory calculations to be performed with greater computational efficiency.
在MS的CASTEP中用的不就是平面波赝势方法吗？

minagami

文献中只提到了用NEB方法来确认MEP，不知道是不是用的LST/QST搜索过渡态。在MS中CASTEP和DMOL3搜索过渡态的方法就是LST/QST，个人感觉十分的坑。
楼主可以尝调小RMS或者是调大最大执行QST的次数，如果还是不行就只能慢慢调节反应物和产物的结构了。感觉反应物和产物的结构越接近过渡态，反应物和产物的结构变化越小，越有可能成功找到过渡态。

zyj19831206

平辉正 发表于 2015-11-24 11:30
你到底想说啥？

就是固定原子，应该选择什么constraints ？

卡开发发

minagami 发表于 2015-11-25 09:02
请问一下用CASTEP做PAW存在什么问题吗？
在维基上查到的PAW定义是：The projector augmented wave metho ...

不是PAW本身的问题，而是熟悉PAW和CASTEP的话，你会发觉CASTEP只支持模守恒和超软赝势，这也是CASTEP计算杂化泛函、计算IR等出现的软肋。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-25 09:24
就是固定原子，应该选择什么constraints ？

周期体系直角坐标分数坐标全都勾上肯定不会错。