求助：PME算法中，是否只计算在截断半径内的静电势？

lining · 发表于 Post on 2021-3-29 22:17:11

sob老师您好，我在gmx中模拟两个水滴的运动，发现只有两个液滴离着比较近的时候，两个液滴之间的静电势才有数值，静电势是用cutoff方式重新跑的，有以下两个疑问：
1. 使用PME算法计算完轨迹后，重新用cutoff跑静电势，此时gmx只计算截断半径以内的静电势能么？
2. 在初始的一段时间内，提取的静电势为0，但是两个液滴依然相互靠近，这是因为PME算法计算时，考虑到了全部粒子间的相互作用么？但是这种超过截断半径的势能并未存储在能量信息内么？
麻烦老师有时间帮忙解答一下，非常感谢您~

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-30 01:49:04

1 是
不要乱用静电势、静电势能这种词，那叫静电相互作用或静电相互作用能

2 可能是，也可能是色散吸引作用，也可能是存在初速度

lining · 发表于 Post on 2021-3-30 08:37:52

好的，非常感谢sob老师的解答并纠正了我不严谨的表述~~~

k64_cc · 发表于 Post on 2021-3-30 13:35:48

本帖最后由 k64_cc 于 2021-3-30 13:51 编辑

你看到的那项不是“静电势”，是“静电势的实空间部分”。

还有Ewald Sum那一部分你没注意到。

lining · 发表于 Post on 2021-3-30 14:35:23

k64_cc 发表于 2021-3-30 13:35
你看到的那项不是“静电势”，是“静电势的实空间部分”。

还有Ewald Sum那一部分你没注意到。

谢谢您的解答，我是先用PME跑的轨迹，然后依据轨迹rerun，用cutoff重新算得组间能量，这样得到的能量应该是全部的吧？用cutoff算的能量应该不分实空间与倒易空间吧？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-3-30 18:00:53

lining 发表于 2021-3-30 14:35
谢谢您的解答，我是先用PME跑的轨迹，然后依据轨迹rerun，用cutoff重新算得组间能量，这样得到的能量应该 ...

用cutoff的话会不包含倒易空间那部分。假设那部分对水滴运动有贡献，那么你这个分析就丢了一部分因素。

刚注意到你做的是俩水滴，这玩意不应该用PBC的，应该用noPBC然后算所有粒子对的相互作用。

lining · 发表于 Post on 2021-3-30 18:17:48

k64_cc 发表于 2021-3-30 18:00
用cutoff的话会不包含倒易空间那部分。假设那部分对水滴运动有贡献，那么你这个分析就丢了一部分因素。
...

因为水滴在连续介质中，所以就用了pbc。在pbc中，如果想要得到更精确的静电相互作用，是不是只能通过增加截断半径的方法来实现啊？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-3-31 11:58:54

lining 发表于 2021-3-30 18:17
因为水滴在连续介质中，所以就用了pbc。在pbc中，如果想要得到更精确的静电相互作用，是不是只能通过增加 ...

如果针对你rerun做能量分解，那是的。

lining · 发表于 Post on 2021-3-31 14:35:58

k64_cc 发表于 2021-3-31 11:58
如果针对你rerun做能量分解，那是的。

好的，非常感谢您的回复~~~

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