求助晶体扩胞后用于分子动力学模拟

侧耳倾听 · 发表于 Post on 2021-3-30 14:54:32

各位老师好，我现在有一个如下图所示已知其堆积状态的分子晶体，我想把它扩展为5*4*1 supercell，用于下一步GMX程序动力学模拟的初始模型，请教老师们应该如何扩展为可以被GMX使用的结构文件？扩展后盒子的尺寸应该怎么定义(由于分子并非完整的置于晶胞内,下图cell的尺寸并不包含所有原子，该如何定义盒子）？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-31 12:43:14

GROMACS自带的gmx genconf工具就可以平移复制成超胞

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-3 10:07:13

sobereva 发表于 2021-3-31 12:43
GROMACS自带的gmx genconf工具就可以平移复制成超胞

老师，您好，我想请问一下，网上下载的晶体的cif文件用Hg软件的packing打开就显示了分子的堆积情况，那么为什么还要用Gromacs呢？是跑完动力学后才是真实的分子堆积情况吗？有点不太理解，辛苦老师了

jiangning198511 · 发表于 Post on 2021-6-3 10:13:23

xxzj 发表于 2021-6-3 10:07
老师，您好，我想请问一下，网上下载的晶体的cif文件用Hg软件的packing打开就显示了分子的堆积情况，那么 ...

上面的意思是你可以用GMX自带的工具进行建模，然后生成GMX格式的结构文件，这和你用什么软件显示结构没关系

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-3 10:21:31

jiangning198511 发表于 2021-6-3 10:13
上面的意思是你可以用GMX自带的工具进行建模，然后生成GMX格式的结构文件，这和你用什么软件显示结构没关 ...

老师，我没有表达清楚，网上下载的晶体结构已经有堆积状态了，那么使用Gromacs是为了什么呢？因为动力学模拟不最终是为了获取堆积情况吗，这里混淆了，谢谢您

jiangning198511 · 发表于 Post on 2021-6-3 10:31:42

xxzj 发表于 2021-6-3 10:21
老师，我没有表达清楚，网上下载的晶体结构已经有堆积状态了，那么使用Gromacs是为了什么呢？因为动力学 ...

我猜测你下载的结构中的堆积状态不一定是最稳定的，毕竟XRD对于H的位置测定不准确，所以要用MD模拟来进一步验证，你可以查查相关文献

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-3 10:34:41

jiangning198511 发表于 2021-6-3 10:31
我猜测你下载的结构中的堆积状态不一定是最稳定的，毕竟XRD对于H的位置测定不准确，所以要用MD模拟来进一 ...

好哒，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-4 06:00:40

xxzj 发表于 2021-6-3 10:07
老师，您好，我想请问一下，网上下载的晶体的cif文件用Hg软件的packing打开就显示了分子的堆积情况，那么 ...

为什么要用gromacs这取决于你。你都不知道为什么要用还为什么问这个问题

xxzj · 发表于 Post on 2021-7-7 20:38:07

本帖最后由 xxzj 于 2021-7-7 20:40 编辑

sobereva 发表于 2021-3-31 12:43
GROMACS自带的gmx genconf工具就可以平移复制成超胞

老师，在真空条件下使用gromacs进行md模拟，可以去掉温度和压力耦合吗？

nianbin · 发表于 Post on 2021-7-7 23:03:42

M$S可以轻松满足你的需求

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-8 12:23:33

xxzj 发表于 2021-7-7 20:38
老师，在真空条件下使用gromacs进行md模拟，可以去掉温度和压力耦合吗？

控压肯定要去掉。控温该用照样用

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