关于氢键形成的问题

XZDZ · 发表于 Post on 2021-4-2 08:25:47

请问老师，如图所示，像-O10H9 （羟基自由基）要从无穷远处来接近图上的这个分子片段（自由基位点在6号氧原子上），即O6-O10距离不断缩短的时候（图中给的是距离为2.6埃时的一个结构示意图），羟基是更容易与2号氧原子之间形成氢键呢，还是6号氧原子呢？

chenbo196 · 发表于 Post on 2021-4-2 10:12:39

我感觉是2号，哈哈哈。乱说的，信你就当真了

ghifi37 · 发表于 Post on 2021-4-2 11:49:33

由于有7H的存在，6O上的电子应该要更多一些，有利于吸引9H，形成氢键的倾向更大。可以做个布局和电子密度分析。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-3 16:30:41

如果与O2、O6形成氢键都能优化出形成氢键复合物极小点结构，对比一下结合能便知

如果不实际计算复合物就想知道答案，或者想对结果进行解释，用Multiwfn分析一下下面那个分子的表面静电势，包括CHELPG原子电荷、表面静电势极小点
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

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